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Sánchez Sorzano, Carlos Oscar Autor

2D and 3D Alignment for Electron Microscopy via Graphics Processing Units

  • Garcia, Eduardo
  • Mateo, Miguel
  • Deideri, Alessandro
  • Iriarte, Ana
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Caffarena, Gabriel
  • Ortuno, F
  • Rojas, I
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Proceedings Iwbbio 2014: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, Vols 1 and 2 - 2014

  • Cuartil JCR: Q2 (2014)

3DBIONOTES: A unified, enriched and interactive view of macromolecular information

  • Tabas-Madrid, D.
  • Segura, J.
  • Sanchez-Garcia, R.
  • Cuenca-Alba, J.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.

Journal of Structural Biology - 1/05/2016

10.1016/j.jsb.2016.02.007 Ver en origen

Número de citas: 6 (Web of Science) 6 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 2,767 (2016)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,732 (2016)
  • SNIP: 0,904 (2016)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,235
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q1)

3DBionotes COVID-19 Edition.

  • Macias JR
  • Sanchez-Garcia R
  • Conesa P
  • Ramirez-Aportela E
  • Martinez Gonzalez M
  • Wert-Carvajal C
  • Parra-Perez AM
  • Segura Mora J
  • Horrell S
  • Thorn A
  • Carazo JM
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Bioinformatics (Oxford, England) - 15/05/2021

10.1093/bioinformatics/btab397

Número de citas: 1 (Web of Science)

3DBIONOTES v2.0: A web server for the automatic annotation of macromolecular structures

  • Segura, Joan
  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Martinez, Marta
  • Cuenca-Alba, Jesus
  • Tabas-Madrid, Daniel
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.
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Bioinformatics - 15/11/2017

10.1093/bioinformatics/btx483 Ver en origen

Número de citas: 14 (Web of Science) 16 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 5,481 (2017)
  • CiteScore: 9,9 (2020)
  • SJR: 6,14 (2017)
  • SNIP: 2,546 (2017)
  • Impacto JCR a 5 años: 8,561
  • Categorías JCR: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Computational Mathematics (Q1); Computational Theory and Mathematics (Q1); Computer Science Applications (Q1); Molecular Biology (Q1); Statistics and Probability (Q1)

3DBIONOTES v3.0: Crossing molecular and structural biology data with genomic variations

  • Segura J.
  • Sanchez-Garcia R.
  • Sorzano C.
  • Carazo J.
  • Valencia A.

Bioinformatics - 15/09/2019

10.1093/bioinformatics/btz118

Número de citas: 9 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 5,61 (2019)
  • CiteScore: 9,9 (2020)
  • SJR: 3,567 (2019)
  • SNIP: 1,864 (2019)
  • Impacto JCR a 5 años: 9,853
  • Categorías JCR: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Computational Mathematics (Q1); Computational Theory and Mathematics (Q1); Computer Science Applications (Q1); Molecular Biology (Q1); Statistics and Probability (Q1)
Open Access

3DCONS-DB: A Database of Position-Specific Scoring Matrices in Protein Structures

  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Sanchez Sorzano, Carlos Oscar
  • Maria Carazo, Jose
  • Segura, Joan

MOLECULES - 1/12/2017

10.3390/molecules22122230 Ver en origen

Número de citas: 29 (Web of Science) 15 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q1 (2017)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 2,468 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,456 (2017)
  • CiteScore: 3,4 (2020)
  • SJR: 0,818 (2018)
  • SNIP: 1,19 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,268
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Analytical Chemistry (Q1); Chemistry (miscellaneous) (Q1); Pharmaceutical Science (Q1); Drug Discovery (Q2); Medicine (miscellaneous) (Q2); Organic Chemistry (Q2); Physical and Theoretical Chemistry (Q2); Molecular Medicine (Q3)

3D Cryo-Electron Reconstruction of BmrA, a Bacterial Multidrug ABC Transporter in an Inward-Facing Conformation and in a Lipidic Environment

  • Fribourg, Pierre Frederic
  • Chami, Mohamed
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Gubellini, Francesca
  • Marabini, Roberto
  • Marco, Sergio
  • Jault, Jean-Michel
  • Levy, Daniel
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JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY - 15/05/2014

10.1016/j.jmb.2014.03.002 Ver en origen

Número de citas: 21 (Web of Science) 21 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 4,333 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,657 (2014)
  • CiteScore: 8,5 (2020)
  • SJR: 2,823 (2014)
  • SNIP: 1,107 (2014)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,702
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Molecular Biology (Q1); Structural Biology (Q1)

3D electron microscopy of biological nanomachines: Principles and applications

  • Sorzano, C. O. S.
  • Jonic, S.
  • Cottevieille, M.
  • Larquet, E.
  • Boisset, N.
  • Marco, S.

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS - 1/11/2007

10.1007/s00249-007-0203-x Ver en origen

Número de citas: 12 (Web of Science) 14 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2007)
  • Factor Impacto JCR: 2,238 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,319 (2007)
  • CiteScore: 4,1 (2020)
  • SJR: 0,978 (2007)
  • SNIP: 0,842 (2007)
Open Access

3DEM Loupe: Analysis of macromolecular dynamics using structures from electron microscopy.

  • Nogales-Cadenas, R.
  • Jonic, S.
  • Tama, F.
  • Arteni, A. A.
  • Tabas-Madrid, D.
  • Vazquez, M.
  • Pascual-Montano, A.
  • Sorzano, C. O. S.
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Nucleic acids research - 1/07/2013

10.1093/nar/gkt385 Ver en origen

Número de citas: 13 (Web of Science) 11 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 8,808 (2013)
  • CiteScore: 23,5 (2020)
  • SJR: 6,801 (2013)
  • SNIP: 2,226 (2013)
  • Impacto JCR a 5 años: 8,378
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Genetics (Q1)
Open Access

3DIANA: 3D Domain Interaction Analysis: A Toolbox for Quaternary Structure Modeling

  • Segura, Joan
  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Tabas-Madrid, Daniel
  • Cuenca-Alba, Jesus
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Maria Carazo, Jose

Biophysical Journal - 23/02/2016

10.1016/j.bpj.2015.11.3519 Ver en origen

Número de citas: 13 (Web of Science) 11 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 3,656 (2016)
  • CiteScore: 6,3 (2020)
  • SJR: 1,988 (2016)
  • SNIP: 1,042 (2016)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,743
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS
  • Categorías SJR: Biophysics (Q1)

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Processing of Transmission Electron Microscopy Images for Single-Particle Analysis of Macromolecular Complexes

  • Devaux, Zaelle
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Jonic, Slavica
  • Conn, PM

Methods in Cell Biology - 1/1/2012

10.1016/b978-0-12-405914-6.00016-0 Ver en origen

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2012)
  • Factor Impacto JCR: 1,444 (2012)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,027 (2012)
  • CiteScore: 2,8 (2020)
  • SJR: 0,908 (2012)
  • Impacto JCR a 5 años: 1,932
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Splines in Biomedical Image Processing

  • Jonic S.
  • Sorzano C.

Optical and Digital Image Processing: Fundamentals and Applications - 29/4/2011

10.1002/9783527635245.ch6

Número de citas: 3 (Scopus)

A fuzzy constraint satisfaction approach to identify and characterize apnea episodes

  • Otero A.
  • Sorzano C.
  • Félix P.
  • Álvarez M.
  • Zamarrón C.

2nd International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, iCBBE 2008 - 1/1/2008

10.1109/icbbe.2008.835

Número de citas: 2 (Scopus)
  • Categorías SJR: Biomedical Engineering; Biotechnology

AMON: A software system for automatic generation of ontology mappings

  • Sanchez-Alberca, Alfredo
  • Garcia-Garcia, Raul
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Gutierrez-Cossio, Celia
  • Chagoyen, Monica
  • Lopez, Mariano Fernandez
  • Bento, C
  • Cardoso, A
  • Dias, G
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2005 Portuguese Conference on Artificial Intelligence, Proceedings - 2005

10.1109/epia.2005.341277 Ver en origen

An image processing approach to the simulation of electron microscopy volumes of atomic structures

  • Sorzano, C.O.S.
  • Vargas, J.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • De La Rosa-Trevin, J.M.
  • Del Riego, S.
  • Fernandez-Alderete, A.
  • Martinez-Rey, C.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J.M.
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2014 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2014 - 28/01/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Número de citas:
  • Categorías SJR: Computer Vision and Pattern Recognition

Clustering of biomedical scientific papers

  • Bravo-Alcobendas D.
  • Sorzano C.

WISP 2009: 6TH IEEE INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON INTELLIGENT SIGNAL PROCESSING, PROCEEDINGS - 10/12/2009

10.1109/wisp.2009.5286530 Ver en origen

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Categorías SJR: Computer Networks and Communications; Media Technology; Signal Processing
Open Access

Consistent and elastic registration of histological sections using vector-spline regularization

  • Arganda-Carreras, Ignacio
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Marabini, Roberto
  • Carazo, Jose Maria
  • Ortiz-de-Solorzano, Carlos
  • Kybic, Jan
  • Beichel, RR
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COMPUTER VISION APPROACHES TO MEDICAL IMAGE ANALYSIS - 1/1/2006

10.1007/11889762_8 Ver en origen

Número de citas: 262 (Web of Science) 203 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)
  • SJR: 0,317 (2006)
  • SNIP: 0,679 (2006)

Effects of the downsampling scheme on three-dimensional electron microscopy of single particles

  • Sorzano, C. O. S.
  • Iriarte, A.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J. M.
  • IEEE

WISP 2009 - 6th IEEE International Symposium on Intelligent Signal Processing - Proceedings - 10/08/2009

10.1109/wisp.2009.5286563 Ver en origen

Número de citas: 3 (Scopus)
  • Categorías SJR: Computer Networks and Communications; Media Technology; Signal Processing

Elastic image registration to fully explore macromolecular dynamics by electron microscopy

  • Jin Q.
  • Sorzano C.
  • Callebaut I.
  • Tama F.
  • Jonic S.

2014 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2014 - 28/1/2014

10.1109/icip.2014.7025416 Ver en origen

Número de citas:
  • Categorías SJR: Computer Vision and Pattern Recognition

Elastic image registration with applications to proteomics

  • Sorzano, C. O. S.
  • Thevenaz, P.
  • Valdes, I.
  • Beloso, A.
  • Unser, M.
  • Cristobal, G
  • Javidi, B
  • Vallmitjana, S
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INFORMATION OPTICS - 1/12/2006

10.1063/1.2361232 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • CiteScore: 0,7 (2020)
  • SJR: 0,184 (2006)
  • SNIP: 0,204 (2006)

Electric-Potential Reconstructions of Single Particles Using L-2-Gradient Flows

  • Li, Ming
  • Xu, Guoliang
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Melero, Roberto
  • Bajaj, Chandrajit
  • Yu, W
  • Zhang, M
  • Wang, L
  • Song, Y
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2010 3RD INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOMEDICAL ENGINEERING AND INFORMATICS (BMEI 2010), VOLS 1-7 - 2010

Electric-potential reconstructions of single particles using L <sup>2</sup>-gradient flows

  • Li M.
  • Xu G.
  • Sorzano C.
  • Melero R.
  • Bajaj C.

Proceedings - 2010 3rd International Conference on Biomedical Engineering and Informatics, BMEI 2010 - 1/12/2010

10.1109/bmei.2010.5639445

Número de citas: 1 (Scopus)
  • Categorías SJR: Biomedical Engineering; Health Informatics; Health Information Management

Este autor no tiene patentes.

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

NAP-CNB: Bioinformatic pipeline to predict MHC-I-restricted T cell epitopes in mice

  • Carlos Wert-Carvajal
  • Rubén Sánchez-García
  • José R Macías
  • Rebeca Sanz-Pamplona
  • Almudena Méndez Pérez
  • Ramon Alemany
  • Esteban Veiga Chacón
  • Carlos Óscar S. Sorzano
  • Arrate Muñoz-Barrutia
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5/10/2020

10.1101/2020.10.05.327015

  • ORCID

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

Removal of the C6 vaccinia virus interferon-β inhibitor in the hepatitis C vaccine candidate MVA-HCV elicited in mice high immunogenicity in spite of reduced host gene expression

  • Q. Marín M
  • Pérez P
  • Gómez CE
  • S. Sorzano CO
  • Esteban M
  • García-Arriaza J

05/2018

10.1101/330902

  • ORCID

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • CiteScore: 7,8 (2022)
  • SJR: 1,154 (2022)
  • SNIP: 1,263 (2022)

Statistical experiment design for animal research

  • Carlos Oscar S. Sorzano

2/06/2023

10.31219/osf.io/e9s25

  • ORCID
Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 7,464 (2021)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 7,913
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Unraveling the Power of NAP-CNB’s Machine Learning-enhanced Tumor Neoantigen Prediction

  • Almudena Mendez-Perez
  • Andres M Acosta-Moreno
  • Carlos Wert-Carvajal
  • Pilar Ballesteros-Cuartero
  • Ruben Sanchez-Garcia
  • Jose R Macias
  • Rebeca Sanz-Pamplona
  • Ramon Alemany
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Arrate Munoz-Barrutia
  • Esteban Veiga
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22/11/2023

10.1101/2023.11.22.568042

  • ORCID

Scopus: 36

Web of Science: 42

Scopus: 129

Web of Science: 163

Última actualización de los datos: 27/04/24 8:34
Próxima recolección programada: 4/05/24 3:00