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Marabini Ruiz, Roberto Autor

A new algorithm for particle weighted subtraction to decrease signals from unwanted components in single particle analysis

  • Fernández-Giménez E.
  • Martínez M.M.
  • Marabini R.
  • Strelak D.
  • Sánchez-García R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Journal of Structural Biology - 1/12/2023

10.1016/j.jsb.2023.108024

Número de citas:
  • CiteScore: 6,1 (2022)
  • SJR: 1,582 (2022)
  • SNIP: 0,773 (2022)

ScipionTomo: Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation

  • Jiménez de la Morena J.
  • Conesa P.
  • Fonseca Y.C.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • Strelak D.
  • Moebel E.
  • Buchholz T.O.
  • Jug F.
  • Martinez-Sanchez A.
  • Harastani M.
  • Jonic S.
  • Conesa J.J.
  • Cuervo A.
  • Losana P.
  • Sánchez I.
  • Iceta M.
  • del Cano L.
  • Gragera M.
  • Melero R.
  • Sharov G.
  • Castaño-Díez D.
  • Koster A.
  • Piccirillo J.G.
  • Vilas J.L.
  • Otón J.
  • Marabini R.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2022

10.1016/j.jsb.2022.107872

Número de citas: 12 (Web of Science)
  • Cuartil JCR: Q2 (2022)
  • Factor Impacto JCR: 3 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,467 (2022)
  • CiteScore: 5,3 (2021)
  • SJR: 1,594 (2021)
  • SNIP: 0,842 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,3
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS

On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa J.
  • Filipovic J.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Fonseca Y.C.
  • Jiménez-de la Morena J.
  • Losana P.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Vilas J.L.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/4/2022

10.1107/s2059798322001978

Número de citas: 9 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2022)
  • Factor Impacto JCR: 2,2 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 2,434 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,7
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

Image processing tools for the validation of CryoEM maps

  • C. O. S. Sorzano
  • J. L. Vilas
  • E. Ramírez-Aportela
  • J. Krieger
  • D. del Hoyo
  • D. Herreros
  • E. Fernandez-Giménez
  • D. Marchán
  • J. R. Macías
  • I. Sánchez
  • L. del Caño
  • Y. Fonseca-Reyna
  • P. Conesa
  • A. García-Mena
  • J. Burguet
  • J. García Condado
  • J. Méndez García
  • M. Martínez
  • A. Muñoz-Barrutia
  • R. Marabini
  • J. Vargas
  • J. M. Carazo
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Faraday Discussions - 4/04/2022

10.1039/d2fd00059h

Número de citas: 2 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 3,4 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,4
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, PHYSICAL

Cryo-EM and Single-Particle Analysis with Scipion

  • Jiménez-Moreno A.
  • Del Caño L.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • Fonseca Y.
  • Maluenda D.
  • Jiménez de la Morena J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Jove-Journal of Visualized Experiments - 29/5/2021

10.3791/62261

Número de citas: 10 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Factor Impacto JCR: 1,424 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,87 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 1,789
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES

Near-atomic structure of an atadenovirus reveals a conserved capsid-binding motif and intergenera variations in cementing proteins

  • Marabini R.
  • Condezo G.N.
  • Krupovic M.
  • Menéndez-Conejero R.
  • Gómez-Blanco J.
  • Martín C.S.

Science Advances - 1/3/2021

10.1126/sciadv.abe6008

Número de citas: 8 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 14,98 (2021)
  • CiteScore: 16,6 (2020)
  • SJR: 5,928 (2020)
  • SNIP: 3,445 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 16,9
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES

Algorithmic robustness to preferred orientations in single particle analysis by CryoEM

  • Sorzano C.O.S.
  • Semchonok D.
  • Lin S.C.
  • Lo Y.C.
  • Vilas J.L.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Gragera M.
  • Vacca S.
  • Maluenda D.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa J.J.
  • Conesa P.
  • Losana P.
  • Caño L.d.
  • de la Morena J.J.
  • Fonseca Y.C.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro F.
  • Herreros D.
  • Kastritis P.L.
  • Marabini R.
  • Bruce B.D.
  • Carazo J.M.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/3/2021

10.1016/j.jsb.2020.107695

Número de citas: 14 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Factor Impacto JCR: 3,234 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,479 (2021)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 1,018 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,064
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY

Cryo-EM density maps adjustment for subtraction, consensus and sharpening

  • Fernández-Giménez E.
  • Martínez M.
  • Sánchez-García R.
  • Marabini R.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Conesa P.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/12/2021

10.1016/j.jsb.2021.107780

Número de citas: 7 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 3,234 (2021)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 1,018 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,064
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY

FSC-Q: a CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier shell correlation

  • Ramírez-Aportela E.
  • Maluenda D.
  • Fonseca Y.C.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Heymann J.B.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Nature Communications - 1/12/2021

10.1038/s41467-020-20295-w

Número de citas: 22 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 17,694 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 17,764
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES

Advances in xmipp for cryo–electron microscopy: From xmipp to scipion

  • Strelak D.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Sánchez-García R.
  • Maluenda D.
  • Vargas J.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Horacek J.
  • Myska D.
  • Horacek M.
  • Conesa P.
  • Fonseca-Reyna Y.C.
  • Jiménez J.
  • Martínez M.
  • Harastani M.
  • Jonić S.
  • Filipovic J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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MOLECULES - 1/10/2021

10.3390/molecules26206224

Número de citas: 17 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 4,927 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,11
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)
Open Access

A GA-optimized neural network for classification of biological particles from electron-microscopy images

  • Merelo, JJ
  • Prieto, A
  • Moran, F
  • Marabini, R
  • Carazo, JM
  • Mira, J
  • MorenoDiaz, R
  • Cabestany, J
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Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) - 1/1/1997

10.1007/bfb0032577 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)
Open Access

ON A PROTOTYPE FOR A NEW DISTRIBUTED DATA-BASE OF VOLUME DATA OBTAINED BY 3D IMAGING

  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FERNANDEZ, JJJ
  • CARAZO, JM
  • LADJADJ, M
  • ODESANYA, O
  • FRANK, J
  • Robb, RA
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Visualization in Biomedical Computer 1994 - 9/09/1994

10.1117/12.185208 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Este autor no tiene conferencias.

Este autor no tiene patentes.

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
  • Factor Impacto JCR: 3,4 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,4
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, PHYSICAL

Near Atomic Structure of an Atadenovirus Reveals a Conserved Capsid-Binding Motif and Intergenera Variations in Cementing Proteins

  • Roberto Marabini
  • Gabriela N. Condezo
  • Josué Gómez-Blanco
  • Carmen San Martín

Science Advances - 24/07/2020

10.1101/2020.07.24.220046

  • Factor Impacto JCR: 14,143 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 16,45
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • ORCID

On the suitability of biological structure determination by electron microscopy to grid computing

  • Fernandez J.
  • Bilbao-Castro J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
  • Garcia I.

New Generation Computing - 1/03/2005

10.1007/bf03037653

Número de citas: 7 (Web of Science) 6 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q3 (2005)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 0,5 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,442 (2005)
  • CiteScore: 2,1 (2020)
  • SJR: 0,6 (2005)
  • SNIP: 1,719 (2005)
  • Categorías SJR: Computer Networks and Communications (Q2); Hardware and Architecture (Q2); Software (Q2); Theoretical Computer Science (Q2)

Biological structure determination by EM is well suited to grid computing

  • Fernandez J.
  • Bilbao-Castro J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
  • Garcia I.

New Generation Computing - 1/06/2004

10.1007/bf03040957

Número de citas:
  • Cuartil JCR: Q2 (2004)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 0,854 (2022)
  • CiteScore: 2,1 (2020)
  • SJR: 0,556 (2004)
  • SNIP: 1,19 (2004)
  • Categorías SJR: Computer Networks and Communications (Q2); Hardware and Architecture (Q2); Software (Q2); Theoretical Computer Science (Q2)

Scopus: 23

Web of Science: 27

Scopus: 57

Web of Science: 69

Última actualización de los datos: 15/04/24 7:47
Próxima recolección programada: 20/04/24 3:00