Carazo García, José María Autor

Higher resolution in cryo-EM by the combination of macromolecular prior knowledge and image-processing tools

  • Ramírez-Aportela E.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
  • Sun F.

IUCrJ - 1/9/2022

10.1107/s2052252522006959

Número de citas:

Cryo-Electron Microscopy: The field of 1,000+ methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2022

10.1016/j.jsb.2022.107861

Número de citas: 3 (Web of Science) 2 (Scopus)

ScipionTomo: Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation

  • Jiménez de la Morena J.
  • Conesa P.
  • Fonseca Y.C.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • Strelak D.
  • Moebel E.
  • Buchholz T.O.
  • Jug F.
  • Martinez-Sanchez A.
  • Harastani M.
  • Jonic S.
  • Conesa J.J.
  • Cuervo A.
  • Losana P.
  • Sánchez I.
  • Iceta M.
  • del Cano L.
  • Gragera M.
  • Melero R.
  • Sharov G.
  • Castaño-Díez D.
  • Koster A.
  • Piccirillo J.G.
  • Vilas J.L.
  • Otón J.
  • Marabini R.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2022

10.1016/j.jsb.2022.107872

Número de citas: 12 (Web of Science)

On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa J.
  • Filipovic J.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Fonseca Y.C.
  • Jiménez-de la Morena J.
  • Losana P.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Vilas J.L.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/4/2022

10.1107/s2059798322001978

Número de citas: 9 (Web of Science) 2 (Scopus)

BIPSPI+: Mining Type-Specific Datasets of Protein Complexes to Improve Protein Binding Site Prediction

  • Sanchez-Garcia R.
  • Macias J.R.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Segura J.

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY - 1/1/2022

10.1016/j.jmb.2022.167556

Número de citas: 3 (Web of Science) 1 (Scopus)

Image processing tools for the validation of CryoEM maps

  • C. O. S. Sorzano
  • J. L. Vilas
  • E. Ramírez-Aportela
  • J. Krieger
  • D. del Hoyo
  • D. Herreros
  • E. Fernandez-Giménez
  • D. Marchán
  • J. R. Macías
  • I. Sánchez
  • L. del Caño
  • Y. Fonseca-Reyna
  • P. Conesa
  • A. García-Mena
  • J. Burguet
  • J. García Condado
  • J. Méndez García
  • M. Martínez
  • A. Muñoz-Barrutia
  • R. Marabini
  • J. Vargas
  • J. M. Carazo
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FARADAY DISCUSSIONS - 1/1/2022

10.1039/d2fd00059h

Número de citas: 2 (Web of Science)

New Tools and Pipelines for Continuous Heterogeneity Analysis from Cryo-EM using Normal Modes and 3D Zernike Polynomials

  • Krieger, J.
  • Herreros, D.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.

Acta Crystallographica A-Foundation and Advances - 08/2022

10.1107/s2053273322096486

Protein dynamics developments for the large scale and cryoEM: case study of ProDy 2.0

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo
  • Ivet Bahar

Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/04/2022

10.1107/s2059798322001966

Número de citas: 6 (Web of Science) 2 (Scopus)

Structural analysis of receptors and actin polarity in platelet protrusions

  • Sorrentino S.
  • Conesa J.J.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Martins B.
  • Fernandez-Gimenez E.
  • De Isidro-Gomez F.P.
  • De la Morena J.
  • Studt J.D.
  • Sorzano C.O.S.
  • Eibauer M.
  • Carazo J.M.
  • Medalia O.
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PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA - 14/9/2021

10.1073/pnas.2105004118

Número de citas: 13 (Web of Science)

Identification of incorrectly oriented particles in cryo-EM single particle analysis

  • Méndez J.
  • Garduño E.
  • Carazo J.M.
  • Carlos C.O.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2021

10.1016/j.jsb.2021.107771

Número de citas: 4 (Web of Science)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

Scipion for tomography: An expansion of Scipion software framework towards integration, reproducibility and validation in cryo-electron tomography

  • Federico P. de Isidro-Gómez
  • de la Morena, Jorge Jimenez
  • Pablo Conesa Mingo
  • David Herreros
  • Fernandez-Gimenez, Estrella
  • Fonseca, Yunior C.
  • Strelak, David
  • J.J. Conesa
  • Ana Cuervo
  • Patricia Losana
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

10.1107/s0108767321097610

  • ORCID

FSC-Q: A method for quality analysis of cryoEM-derived models

  • Erney Ramírez-Aportela
  • David Maluenda Niubó
  • Fonseca, Yunior C.
  • Pablo Conesa Mingo
  • Roberto Marabini
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

  • ORCID

Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

  • Lapenta, F.
  • Aupic, J.
  • Vezzoli, M.
  • Strmsek, Z.
  • Da Vela, S.
  • Svergun, D. I.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Roberto Melero
  • Jerala, R.
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Febs Open Bio - 07/2021

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Analysing cryoEM data quality in the post resolution revolution era: Validity criteria

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Outlier detection for single particle analysis in Electron Microscopy

  • Sorzano, C. O. S.
  • Vargas, J.
  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Zaldivar-Peraza, A.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • Foche, I.
  • Marabini, R.
  • Caffarena, G.
  • Carazo, J. M.
  • Ortuno, F
  • Rojas, I
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PROCEEDINGS IWBBIO 2014: INTERNATIONAL WORK-CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING, VOLS 1 AND 2 - 2014

Número de citas: 10 (Web of Science)

AN IMAGE PROCESSING APPROACH TO THE SIMULATION OF ELECTRON MICROSCOPY VOLUMES OF ATOMIC STRUCTURES

  • Sorzano, C.O.S.
  • Vargas, J.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • De La Rosa-Trevin, J.M.
  • Del Riego, S.
  • Fernandez-Alderete, A.
  • Martinez-Rey, C.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J.M.
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2014 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON IMAGE PROCESSING (ICIP) - 28/1/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Número de citas:

Este autor no tiene patentes.

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)

Author Correction: Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules (Nature Communications, (2021), 12, 1, (939), 10.1038/s41467-021-21184-6)

  • Lapenta F.
  • Aupič J.
  • Vezzoli M.
  • Strmšek Ž.
  • Da Vela S.
  • Svergun D.I.
  • Carazo J.M.
  • Melero R.
  • Jerala R.
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Nature Communications - 1/12/2021

10.1038/s41467-021-21969-9

Número de citas:

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

17/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v2

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 23/03/24 8:38
Próxima recolección programada: 30/03/24 3:00