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Carazo García, José María Autor

Volumetric constraints in 3D tomography applied to electron microscopy

  • Marabini R.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Carazo J.

2002 Ieee International Symposium on Biomedical Imaging, Proceedings - 1/1/2002

10.1109/isbi.2002.1029339 Ver en origen

Número de citas: 5 (Scopus)

3D reconstruction of 2D crystals from projections in real space

  • Marabini, R
  • Herman, GT
  • Sorzano, COS
  • Carazo, JM
  • Fernandez, JJ
  • Matej, S
  • IEEE
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2002 Ieee International Symposium on Biomedical Imaging, Proceedings - 1/1/2002

10.1109/isbi.2002.1029351 Ver en origen

Número de citas: 1 (Scopus)

Image processing for Cellular tomography using soft X-rays

  • Sorzano, C. O. S.
  • Oton, J.
  • Cuenca, J.
  • Zaldivar-Perez, A.
  • Caffarena, G.
  • Sanchez-Jimenez, J.
  • Messaoudi, C.
  • Marco, S.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J. M.
  • IEEE
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2012 9th Ieee International Symposium on Biomedical Imaging (Isbi) - 2012

The Molecular Control of Calcitonin Receptor Signaling

  • Dal Maso E.
  • Glukhova A.
  • Zhu Y.
  • Garcia-Nafria J.
  • Tate C.G.
  • Atanasio S.
  • Reynolds C.A.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Carazo J.M.
  • Hick C.A.
  • Furness S.G.B.
  • Hay D.L.
  • Liang Y.L.
  • Miller L.J.
  • Christopoulos A.
  • Wang M.W.
  • Wootten D.
  • Sexton P.M.
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ACS Pharmacology and Translational Science - 8/2/2019

10.1021/acsptsci.8b00056

Número de citas: 36 (Web of Science) 25 (Scopus)

New Tools and Pipelines for Continuous Heterogeneity Analysis from Cryo-EM using Normal Modes and 3D Zernike Polynomials

  • Krieger, J.
  • Herreros, D.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.

Acta Crystallographica A-Foundation and Advances - 08/2022

10.1107/s2053273322096486

  • Factor Impacto JCR: 1,8 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,2
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY

Introducing robustness to maximum-likelihood refinement of electron-microsopy data

  • Scheres, Sjors H. W.
  • Carazo, Jose-Maria

Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography - 10/07/2009

10.1107/s0907444909012049

Número de citas: 7 (Web of Science) 6 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 2,257 (2009)
  • CiteScore: 5,5 (2015)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,013
  • Categorías JCR: CRYSTALLOGRAPHY

On the development of three new tools for organizing and sharing information in three-dimensional electron microscopy

  • Marabini, R.
  • MacIas, J.R.
  • Vargas, J.
  • Quintana, A.
  • Sorzano, C.O.S.
  • Carazo, J.M.

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography - 1/05/2013

10.1107/s0907444913007038 Ver en origen

Número de citas: 5 (Web of Science) 5 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 7,232 (2013)
  • CiteScore: 5,5 (2015)
  • Impacto JCR a 5 años: 9,416
  • Categorías JCR: CRYSTALLOGRAPHY

Scipion Flexibility Hub: an integrative framework for advanced analysis of conformational heterogeneity in cryoEM

  • Herreros D.
  • Krieger J.M.
  • Fonseca Y.
  • Conesa P.
  • Harastani M.
  • Vuillemot R.
  • Hamitouche I.
  • Serrano Gutiérrez R.
  • Gragera M.
  • Melero R.
  • Jonic S.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Acta crystallographica. Section D, Structural biology - 1/7/2023

10.1107/s2059798323004497

Número de citas: 3 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • CiteScore: 7,5 (2022)
  • SJR: 3,87 (2022)
  • SNIP: 1,47 (2022)

Principal component analysis is limited to low-resolution analysis in cryoEM

  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.

Acta Crystallographica Section D Structural Biology - 1/06/2021

10.1107/s2059798321002291

Número de citas: 8 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 5,699 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 6,009
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

Flexible workflows for on-the-fly electron-microscopy single-particle image processing using Scipion

  • Maluenda D.
  • Majtner T.
  • Horvath P.
  • Vilas J.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Mota J.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Sánchez-García R.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Rancel Y.
  • Fonseca Y.
  • Martínez M.
  • Sharov G.
  • García C.
  • Strelak D.
  • Melero R.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
  • Sorzano C.
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/10/2019

10.1107/s2059798319011860

Número de citas: 12 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2019)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 5,266 (2019)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,902 (2019)
  • CiteScore: 6,6 (2019)
  • SJR: 3,906 (2019)
  • SNIP: 1,429 (2019)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,181
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q1)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)
Open Access

A GA-optimized neural network for classification of biological particles from electron-microscopy images

  • Merelo, JJ
  • Prieto, A
  • Moran, F
  • Marabini, R
  • Carazo, JM
  • Mira, J
  • MorenoDiaz, R
  • Cabestany, J
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Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) - 1/1/1997

10.1007/bfb0032577 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 1,626 (2010)
  • CiteScore: 2,6 (2020)
  • SJR: 1,408 (2010)
  • SNIP: 0,493 (2010)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,185
  • Categorías JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)
Open Access

ON A PROTOTYPE FOR A NEW DISTRIBUTED DATA-BASE OF VOLUME DATA OBTAINED BY 3D IMAGING

  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FERNANDEZ, JJJ
  • CARAZO, JM
  • LADJADJ, M
  • ODESANYA, O
  • FRANK, J
  • Robb, RA
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Visualization in Biomedical Computer 1994 - 9/09/1994

10.1117/12.185208 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Extending the incorporation of superfamily structural information in the process of flexible fitting in 3D-EM

  • Velázquez-Muriel J.
  • Carazo J.

2005 Ieee Computational Systems Bioinformatics Conference, Workshops and Poster Abstracts - 1/12/2005

10.1109/csbw.2005.65

Número de citas:
  • Categorías SJR: Engineering (miscellaneous)

Two-way clustering of gene expression profiles by sparse matrix factorization

  • Pascual-Montano A.
  • Carmona-Sáez P.
  • Pascual-Marqui R.
  • Tirado F.
  • Carazo J.

2005 Ieee Computational Systems Bioinformatics Conference, Workshops and Poster Abstracts - 1/12/2005

10.1109/csbw.2005.137

Número de citas: 6 (Scopus)
  • Categorías SJR: Engineering (miscellaneous)

Molecular image registration using mutual information and differential evolution optimization

  • Telenczuk, Bartosz
  • Ledesma-Carbayo, Marta J.
  • Velazquez-Muriel, Javier A.
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Santos, Andres
  • IEEE
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2006 3rd Ieee International Symposium On Biomedical Imaging: From Nano To Macro - Proceedings - 17/11/2006

Número de citas: 4 (Web of Science) 11 (Scopus)

Flexible image registration for the identification of best fitted protein models in 3D-EM maps

  • Fernandez-de-Manuell, Laura
  • Ledesma-Carbayol, Maria J.
  • Atienza-Herrero, Julian
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Santos, Andres
  • IEEE
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2008 5th Ieee International Symposium On Biomedical Imaging: From Nano To Macro, Proceedings, Isbi - 10/05/2008

10.1109/isbi.2008.4541163 Ver en origen

Número de citas:

Extraction of biomedical events using case-based reasoning

  • Mariana Neves
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Pascual-Montano, Alberto

2009 Biomedical Natural Language Processing Workshop, Bionlp 2009 - Companion Volume: Shared Task On Event Extraction - 2009

  • ORCID

Modeling shape and topology of 3D images of biological specimens

  • De-Alarcón P.
  • Pascual-Montano A.
  • Gupta A.
  • Carazo J.

2014 22nd International Conference On Pattern Recognition (icpr) - 1/12/2002

Número de citas: 1 (Scopus)
  • CiteScore: 2,9 (2019)
  • SJR: 0,32 (2002)
  • SNIP: 0,954 (2002)
  • Categorías SJR: Computer Vision and Pattern Recognition

An image processing approach to the simulation of electron microscopy volumes of atomic structures

  • Sorzano, C.O.S.
  • Vargas, J.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • De La Rosa-Trevin, J.M.
  • Del Riego, S.
  • Fernandez-Alderete, A.
  • Martinez-Rey, C.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J.M.
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2014 IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2014 - 28/01/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Número de citas:
  • Categorías SJR: Computer Vision and Pattern Recognition

AutoRes: Structure resolution determination through autocorrelation analysis

  • J. Vargas
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia

3dem Gordon Research Conference 2015 - 2015

  • ORCID

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

  • Álvarez-Herrera, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Comas I
  • Coscollà, M.
  • Santiago F. Elena
  • Francés-Gómez, C.
  • Franco, M.L.
  • García Rasines, D.
  • Geller, R.
  • Carmen Gil
  • Fernando Gonzalez-Candelas
  • Hillung, J.
  • José Luis Llácer
  • Marina, A.
  • Marqués, M.C.
  • Naveiro Flores, R.
  • Ríos, D.
  • Rodríguez Santana, S.
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Ulzurum, E.
  • Vidal, M.
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44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

  • Alonso, F.
  • Emilio Cano
  • María P. Martín
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Jan Thiele

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Este autor no tiene patentes.

Open Access

ENRICH: A fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Georges A.d.
  • Abrishami V.
  • Vargas J.

Progress In Biophysics & Molecular Biology - 1/09/2021

10.1016/j.pbiomolbio.2021.01.001

Número de citas: 2 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 4,799 (2021)
  • CiteScore: 5,8 (2020)
  • SJR: 0,859 (2020)
  • SNIP: 0,995 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,907
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
Open Access

Accessing Information on the Conformational Flexibility of Molecular Machines

  • Carazo, JM

Structure - 1/02/2004

10.1016/j.str.2004.01.017

Número de citas: 3 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 9 (2020)
  • SJR: 4,47 (2004)
  • SNIP: 1,507 (2004)
  • Categorías SJR: Molecular Biology (Q1); Structural Biology (Q1)

A variant to the \'random approximation\' of the reference-free alignment algorithm

  • Marco S.
  • Chagoyen M.
  • De La Fraga L.
  • Carazo J.
  • Carrascosa J.

Ultramicroscopy - 1/11/1996

10.1016/s0304-3991(96)00083-6

Número de citas: 62 (Scopus)
  • CiteScore: 5 (2020)

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
... Ver más Contraer

05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

Dynamic Kinetochore Size Regulation Promotes Microtubule Capture And Chromosome Biorientation In Mitosis

  • Sacristan C
  • Ahmad M
  • Keller J
  • Fermie J
  • Groenewold V
  • Tromer E
  • Fish A
  • Melero R
  • Carazo JM
  • Klumperman J
  • Musacchio A
  • Perrakis A
  • Kops GJ
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03/2018

10.1101/279398

  • ORCID

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

ENRICH: a fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M
  • Sorzano COS
  • Des Georges A
  • Carazo JM
  • Vargas J

08/2018

10.1101/400317

  • ORCID

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 27/04/24 8:34
Próxima recolección programada: 4/05/24 3:00