RDF/XML JSON-LD N3/Turtle RDF/JSON

Carazo García, José María Autor

Open Access

Discovering semantic features in the literature: a foundation for building functional associations

  • Chagoyen, M
  • Carmona-Saez, P
  • Shatkay, H
  • Carazo, JM
  • Pascual-Montano, A

BMC BIOINFORMATICS - 26/01/2006

10.1186/1471-2105-7-41

Número de citas: 59 (Web of Science) 59 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 5,7 (2020)
  • SJR: 1,913 (2006)
  • SNIP: 1,214 (2006)
  • Categorías SJR: Applied Mathematics (Q1); Biochemistry (Q1); Computer Science Applications (Q1); Molecular Biology (Q2); Structural Biology (Q2)

Detection, classification and 3D reconstruction of biological macromolecules on hypercube computers

  • CARAZO, JM
  • BENAVIDES, I
  • RIVERA, FF
  • ZAPATA, EL

Ultramicroscopy - 01/1992

10.1016/0304-3991(92)90232-9

Número de citas: 7 (Web of Science)

Design of coiled-coil protein-origami cages that self-assemble in vitro and in vivo

  • Ljubetic, Ajasja
  • Lapenta, Fabio
  • Gradisar, Helena
  • Drobnak, Igor
  • Aupic, Jana
  • Strmsek, Ziga
  • Lainscek, Dusko
  • Hafner-Bratkovic, Iva
  • Majerle, Andreja
  • Krivec, Nusa
  • Bencina, Mojca
  • Pisanski, Tomaz
  • Velickovic, Tanja Cirkovic
  • Round, Adam
  • Maria Carazo, Jose
  • Melero, Roberto
  • Jerala, Roman
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NATURE BIOTECHNOLOGY - 1/11/2017

10.1038/nbt.3994

Número de citas: 114 (Web of Science) 85 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2017)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 35,724 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 5,208 (2017)
  • CiteScore: 37,4 (2020)
  • SJR: 18,252 (2017)
  • SNIP: 6,291 (2017)
  • Impacto JCR a 5 años: 43,271
  • Categorías JCR: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY
  • Categorías SJR: Applied Microbiology and Biotechnology (Q1); Bioengineering (Q1); Biomedical Engineering (Q1); Biotechnology (Q1); Molecular Medicine (Q1)

Designing and executing scientific workflows with a programmable integrator

  • Chagoyen, M
  • Kurul, ME
  • De-Alarcon, PA
  • Carazo, JM
  • Gupta, A

Bioinformatics - 1/09/2004

10.1093/bioinformatics/bth209

Número de citas: 5 (Web of Science) 6 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 9,9 (2020)
  • SJR: 3,525 (2004)
  • SNIP: 2,555 (2004)
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Computational Mathematics (Q1); Computational Theory and Mathematics (Q1); Computer Science Applications (Q1); Molecular Biology (Q1); Statistics and Probability (Q1)

Design and analysis of an object-oriented discrete-event simulation engine for ATM telecommunication networks

  • Cortes P.
  • Munuzuri J.
  • Onieva L.
  • Carazo J.M.

International Journal of Simulation and Process Modelling - 1/1/2008

10.1504/ijspm.2008.020612

Número de citas:
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,3 (2020)
  • SJR: 0,233 (2008)
  • SNIP: 0,97 (2008)
  • Categorías SJR: Computer Science Applications (Q3); Modeling and Simulation (Q3); Applied Mathematics (Q4)

Denoising of high-resolution single-particle electron-microscopy density maps by their approximation using three-dimensional Gaussian functions

  • Jonic, S.
  • Vargas, J.
  • Melero, R.
  • Gomez-Blanco, J.
  • Carazo, J. M.
  • Sorzano, C. O. S.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/06/2016

10.1016/j.jsb.2016.04.007 Ver en origen

Número de citas: 15 (Web of Science) 11 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2016)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 2,767 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,469 (2016)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,732 (2016)
  • SNIP: 0,904 (2016)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,235
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q1)
Open Access

DeepRes: A new deep-learning- and aspect-based local resolution method for electron-microscopy maps

  • Ramírez-Aportela E.
  • Mota J.
  • Conesa P.
  • Carazo J.
  • Sorzano C.

IUCrJ - 1/11/2019

10.1107/s2052252519011692

Número de citas: 34 (Web of Science) 15 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 5,401 (2019)
  • CiteScore: 6,9 (2019)
  • SJR: 1,735 (2019)
  • SNIP: 1,386 (2019)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,732
  • Categorías JCR: CRYSTALLOGRAPHY
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Chemistry (miscellaneous) (Q1); Condensed Matter Physics (Q1); Materials Science (miscellaneous) (Q1)
Open Access

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Sanchez-Garcia R.
  • Gomez-Blanco J.
  • Cuervo A.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
  • Vargas J.

Communications Biology - 1/12/2021

10.1038/s42003-021-02399-1

Número de citas: 344 (Web of Science) 21 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 6,548 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 6,816
  • Categorías JCR: BIOLOGY
Open Access

Deep Consensus, a deep learning-based approach for particle pruning in cryo-electron microscopy

  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Segura, Joan
  • Maluenda, David
  • Maria Carazo, Jose
  • Sorzano, Carlos Oscar S.

IUCrJ - 1/11/2018

10.1107/s2052252518014392 Ver en origen

Número de citas: 33 (Web of Science) 18 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2018)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 4,756 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,771 (2018)
  • CiteScore: 4,23 (2018)
  • SJR: 2,628 (2018)
  • SNIP: 1,593 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,434
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Chemistry (miscellaneous) (Q1); Condensed Matter Physics (Q1); Materials Science (miscellaneous) (Q1)

DeepAlign, a 3D alignment method based on regionalized deep learning for Cryo-EM

  • Jiménez-Moreno A.
  • Střelák D.
  • Filipovič J.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/6/2021

10.1016/j.jsb.2021.107712

Número de citas: 8 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 3,234 (2021)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 1,018 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,064
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)
Open Access

ON A PROTOTYPE FOR A NEW DISTRIBUTED DATA-BASE OF VOLUME DATA OBTAINED BY 3D IMAGING

  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FERNANDEZ, JJJ
  • CARAZO, JM
  • LADJADJ, M
  • ODESANYA, O
  • FRANK, J
  • Robb, RA
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Visualization in Biomedical Computer 1994 - 9/09/1994

10.1117/12.185208 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 1,626 (2010)
  • CiteScore: 2,6 (2020)
  • SJR: 1,408 (2010)
  • SNIP: 0,493 (2010)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,185
  • Categorías JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)
Open Access

A GA-optimized neural network for classification of biological particles from electron-microscopy images

  • Merelo, JJ
  • Prieto, A
  • Moran, F
  • Marabini, R
  • Carazo, JM
  • Mira, J
  • MorenoDiaz, R
  • Cabestany, J
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Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) - 1/1/1997

10.1007/bfb0032577 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)

Using Scipion for Stream Image Processing at CryoEM Facilities

  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Gomez-Blanco, J.
  • Conesa, P.
  • Rancel, Y.
  • del Cano, L.
  • Arranz, R.
  • Chichon, F. J.
  • Martin-Benito, J.
  • Carroni, M.
  • Fleichman, S.
  • Lindahl, E.
  • Basham, M.
  • Clare, D. K.
  • Savage, K.
  • Siebert, C. A.
  • Ashton, A. W.
  • Marabini, R.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 07/2018

10.1107/s0108767318098380

  • Factor Impacto JCR: 1,878 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,647
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY

Two-way clustering of gene expression profiles by sparse matrix factorization

  • Pascual-Montano A.
  • Carmona-Sáez P.
  • Pascual-Marqui R.
  • Tirado F.
  • Carazo J.

2005 Ieee Computational Systems Bioinformatics Conference, Workshops and Poster Abstracts - 1/12/2005

10.1109/csbw.2005.137

Número de citas: 6 (Scopus)
  • Categorías SJR: Engineering (miscellaneous)

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

THREE-DIMENSIONAL RECONSTRUCTION BY THE DIRECT FOURIER METHOD: AN IMAGE SIMULATION APPROACH TO THE CASE OF INCOMPLETE DATA.

  • Carazo J.M.
  • Carrascosa J.
  • Santisteban A.

1/12/1985

Número de citas:

Three-dimensional domain mapping in the bacteriophage phi 29 connector

  • Jose Valpuesta
  • Mikel Valle
  • Jose-Jesus Fernandez
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Albar, JP
  • Leonor Kremer
  • José L. Carrascosa
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Electron Microscopy 1998, Vol 1 - 1998

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Wieczór, M.
  • Krieger, J.
  • Orozco, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carmen Gil

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

Structure of DnaB and DnaB.DnaC complex.

  • Carmen San Martín
  • Radermacher, M
  • Fedtke, B
  • Engel, A
  • Miles, CS
  • Dixon, NE
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Electron Microscopy 1998, Vol 1 - 1998

  • ORCID

Stream processing of CryoElectron Microscopy images at the acquisition site

  • D. Marchán
  • A. García-Mena
  • P. Conesa
  • Francisco Javier Chichón García
  • R. Arranz
  • Y. Fonseca-Reyna
  • L. del Caño
  • I. Sánchez-López
  • M. Iceta
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carlos Oscar S. Sorzano
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Instruct Biennial Structural Biology Conference - 2022

  • ORCID

Self-organizing networks for mapping and clustering biological macromolecules images

  • Pascual, A
  • Montserrat Barcena
  • Merelo, JJ
  • Jose Maria Carazo Garcia

Artificial Neural Networks In Medicine and Biology - 2000

  • ORCID

Scipion for tomography: An expansion of Scipion software framework towards integration, reproducibility and validation in cryo-electron tomography

  • Federico P. de Isidro-Gómez
  • de la Morena, Jorge Jimenez
  • Pablo Conesa Mingo
  • David Herreros
  • Fernandez-Gimenez, Estrella
  • Fonseca, Yunior C.
  • Strelak, David
  • J.J. Conesa
  • Ana Cuervo
  • Patricia Losana
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

10.1107/s0108767321097610

  • ORCID

Este autor no tiene patentes.

Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 7,464 (2021)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 7,913
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • CiteScore: 7,8 (2022)
  • SJR: 1,154 (2022)
  • SNIP: 1,263 (2022)

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

On the suitability of biological structure determination by electron microscopy to grid computing

  • Fernandez J.
  • Bilbao-Castro J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
  • Garcia I.

New Generation Computing - 1/03/2005

10.1007/bf03037653

Número de citas: 7 (Web of Science) 6 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q3 (2005)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 0,5 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,442 (2005)
  • CiteScore: 2,1 (2020)
  • SJR: 0,6 (2005)
  • SNIP: 1,719 (2005)
  • Categorías SJR: Computer Networks and Communications (Q2); Hardware and Architecture (Q2); Software (Q2); Theoretical Computer Science (Q2)

New phylogenetic venues opened by a novel implementation of the DNAml algorithm

  • Trelles, O
  • Ceron, C
  • Wang, HC
  • Dopazo, J
  • Carazo, JM

Bioinformatics - 1/07/1998

10.1093/bioinformatics/14.6.544

Número de citas: 7 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • CiteScore: 9,9 (2020)

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

iNEXT: a European facility network to stimulate translational structural biology

  • Rolf Boelens
  • Dmitri Svergun
  • Jan Ellenberg
  • Cusack, Stephen
  • Martin A. Walsh
  • Banci, Lucia
  • Harald Schwalbe
  • Perrakis, Anastassis
  • van Leeuwenhoek, Antoni
  • Vladimir Sklenar
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Hartmut Oschkinat
  • Thompson, Andrew
  • Thunnissen, Marjolein
  • Koster, Bram
  • Gordon Leonard
  • Brutscher, Bernhard
  • Stuart, David I.
  • Poul Nissen
  • Wacklin, Hanna
  • Perczel, Andras
  • Margarida Archer
  • Wierenga, Rik
  • Spyroulias, Georgios A.
  • Sussman, Joel
  • iNEXT Consortium
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Febs Letters - 1/06/2018

10.1002/1873-3468.13062

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Cuartil SJR: Q4
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q4)

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
  • Factor Impacto JCR: 6,7 (2022)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
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  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 6,7
  • Categorías JCR: VIROLOGY

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