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Carazo García, José María Autor

On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa J.
  • Filipovic J.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Fonseca Y.C.
  • Jiménez-de la Morena J.
  • Losana P.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Vilas J.L.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/4/2022

10.1107/s2059798322001978

Número de citas: 9 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2022)
  • Factor Impacto JCR: 2,2 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 2,434 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,7
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

Cryo-Electron Microscopy: The field of 1,000+ methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2022

10.1016/j.jsb.2022.107861

Número de citas: 3 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 3 (2022)
  • CiteScore: 5,3 (2021)
  • SJR: 1,594 (2021)
  • SNIP: 0,842 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,3
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS

ScipionTomo: Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation

  • Jiménez de la Morena J.
  • Conesa P.
  • Fonseca Y.C.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • Strelak D.
  • Moebel E.
  • Buchholz T.O.
  • Jug F.
  • Martinez-Sanchez A.
  • Harastani M.
  • Jonic S.
  • Conesa J.J.
  • Cuervo A.
  • Losana P.
  • Sánchez I.
  • Iceta M.
  • del Cano L.
  • Gragera M.
  • Melero R.
  • Sharov G.
  • Castaño-Díez D.
  • Koster A.
  • Piccirillo J.G.
  • Vilas J.L.
  • Otón J.
  • Marabini R.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/9/2022

10.1016/j.jsb.2022.107872

Número de citas: 12 (Web of Science)
  • Cuartil JCR: Q2 (2022)
  • Factor Impacto JCR: 3 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,467 (2022)
  • CiteScore: 5,3 (2021)
  • SJR: 1,594 (2021)
  • SNIP: 0,842 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,3
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS

Emerging Themes in CryoEM─Single Particle Analysis Image Processing

  • Vilas J.L.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

CHEMICAL REVIEWS - 14/9/2022

10.1021/acs.chemrev.1c00850

Número de citas: 9 (Web of Science)
  • Cuartil JCR: Q2 (2022)
  • Factor Impacto JCR: 62,1 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,526 (2022)
  • CiteScore: 98,8 (2021)
  • SJR: 18,718 (2021)
  • SNIP: 12,313 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 66,5
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY
Open Access

Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials

  • D. Herreros
  • R. R. Lederman
  • J. M. Krieger
  • A. Jiménez-Moreno
  • M. Martínez
  • D. Myška
  • D. Strelak
  • J. Filipovic
  • C. O. S. Sorzano
  • J. M. Carazo
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Nature Communications - 11/01/2023

10.1038/s41467-023-35791-y

Número de citas: 11 (Web of Science) 9 (Scopus)

Performance and Quality Comparison of Movie Alignment Software for Cryogenic Electron Microscopy

  • David Střelák
  • Daniel Marchán
  • José María Carazo
  • Carlos O. S. Sorzano

Micromachines - 26/09/2023

10.3390/mi14101835

Número de citas:

Umbrella Data Management Plans to Integrate FAIR Data : Lessons From the ISIDORe and BY-COVID Consortia for Pandemic Preparedness

  • David R.
  • Richard A.S.
  • Connellan C.
  • Lauer K.B.
  • Chiusano M.L.
  • Goble C.
  • Houde M.
  • Kemmer I.
  • Keppler A.
  • Lieutaud P.
  • Ohmann C.
  • Panagiotopoulou M.
  • Khan S.R.
  • Rybina A.
  • Soiland-Reyes S.
  • Wit C.
  • Wittner R.
  • Buono R.A.
  • Marsh S.A.
  • Audergon P.
  • Bonfils D.
  • Carazo J.M.
  • Charrel R.
  • Coppens F.
  • Fecke W.
  • Filippone C.
  • Alvarez E.G.
  • Gul S.
  • Hermjakob H.
  • Herzog K.
  • Holub P.
  • Kozera L.
  • Lister A.L.
  • López-Coronado J.
  • Madon B.
  • Majcen K.
  • Martin W.
  • Müller W.
  • Papadopoulou E.
  • Prat C.M.A.
  • Romano P.
  • Sansone S.A.
  • Saunders G.
  • Blomberg N.
  • Ewbank J.
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Data Science Journal - 1/1/2023

10.5334/dsj-2023-035

Número de citas: 1 (Scopus)

ZART: A Novel Multiresolution Reconstruction Algorithm with Motion-blur Correction for Single Particle Analysis

  • Herreros D.
  • Kiska J.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Filipovic J.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Molecular Biology - 1/1/2023

10.1016/j.jmb.2023.168088

Número de citas: 2 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • CiteScore: 10,8 (2022)
  • SJR: 2,421 (2022)
  • SNIP: 1,281 (2022)

A new algorithm for particle weighted subtraction to decrease signals from unwanted components in single particle analysis

  • Fernández-Giménez E.
  • Martínez M.M.
  • Marabini R.
  • Strelak D.
  • Sánchez-García R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Journal of Structural Biology - 1/12/2023

10.1016/j.jsb.2023.108024

Número de citas:
  • CiteScore: 6,1 (2022)
  • SJR: 1,582 (2022)
  • SNIP: 0,773 (2022)

Local defocus estimation in single particle analysis in cryo-electron microscopy

  • Fernandez-Gimenez E.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Structural Biology - 1/12/2023

10.1016/j.jsb.2023.108030

Número de citas:
  • CiteScore: 6,1 (2022)
  • SJR: 1,582 (2022)
  • SNIP: 0,773 (2022)

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 1,626 (2010)
  • CiteScore: 2,6 (2020)
  • SJR: 1,408 (2010)
  • SNIP: 0,493 (2010)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,185
  • Categorías JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods In Molecular Biology (clifton, N.j.) - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

THREE-DIMENSIONAL RECONSTRUCTION BY THE DIRECT FOURIER METHOD: AN IMAGE SIMULATION APPROACH TO THE CASE OF INCOMPLETE DATA.

  • Carazo J.M.
  • Carrascosa J.
  • Santisteban A.

1/12/1985

Número de citas:

3-D ELECTRON MICROSCOPY AND INCOMPLETE ANGULAR COVERAGE: A RESTORATION SCHEME BASED ON PROJECTIONS ONTO CONVEX SETS.

  • Carazo J.

ICASSP, IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing - Proceedings - 1/1/1988

Número de citas:
  • CiteScore: 4,6 (2020)

Image reconstruction on hypercube computers

  • Zapata E.L.
  • Benavides I.
  • Rivera F.F.
  • Bruguera J.D.
  • Carazo J.M.

1/12/1990

Número de citas: 4 (Scopus)

Parallel architecture for real-time speech recognition in Spanish

  • Alexandres S.
  • Moran J.
  • Carazo J.
  • Santos A.

ICASSP, IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing - Proceedings - 1/12/1990

Número de citas: 2 (Scopus)
  • CiteScore: 4,6 (2020)
Open Access

ON A PROTOTYPE FOR A NEW DISTRIBUTED DATA-BASE OF VOLUME DATA OBTAINED BY 3D IMAGING

  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FERNANDEZ, JJJ
  • CARAZO, JM
  • LADJADJ, M
  • ODESANYA, O
  • FRANK, J
  • Robb, RA
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Visualization In Biomedical Computer 1994 - 9/09/1994

10.1117/12.185208 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Mapping strategies for sequential sequence comparison algorithms on LAN-based message passing architectures

  • Trelles-Salazar O.
  • Zapata E.L.
  • Carazo J.M.

Lecture Notes In Computer Science - 1/1/1994

10.1007/bfb0020372

Número de citas: 6 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)

3D reconstruction of macromolecules on multiprocessors

  • Ujaldón M.
  • Asenjo R.
  • Zapata E.L.
  • Cabaleiro J.C.
  • Carazo J.M.

Proceedings of The 2nd Euromicro Workshop On Parallel and Distributed Processing, Pdp 1994 - 1/1/1994

10.1109/empdp.1994.592499

Número de citas:

3-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE DNAB HELICASE OLIGOMER FROM ESCHERICHIA-COLI BY ELECTRON-MICROSCOPY AND IMAGE-PROCESSING

  • Carmen San Martín
  • STAMFORD, NPJ
  • DAMMEROVA, N
  • DIXON, NE
  • Jose Maria Carazo Garcia

Electron Microscopy 1994, Vols 3a and 3b - 1994

  • ORCID

Pattern recognition and classification of images of biological macromolecules using neural networks

  • MARABINI, R
  • CARAZO, JM
  • Jouffrey, B
  • Colliex, C

Electron Microscopy 1994, Vol 1 - 1994

STUDY OF THE COLLARS EXTRACTED FROM T3 AND 029 VIRAL PARTICLES

  • MARCO, S
  • VALPUESTA, JM
  • CARAZO, JM
  • MARABINI, R
  • FUJISAWA, H
  • CARRASCOSA, JL
  • Jouffrey, B
  • Colliex, C
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Electron Microscopy 1994, Vols 3a and 3b - 1994

Este autor no tiene patentes.

A variant to the \'random approximation\' of the reference-free alignment algorithm

  • Marco S.
  • Chagoyen M.
  • De La Fraga L.
  • Carazo J.
  • Carrascosa J.

Ultramicroscopy - 1/11/1996

10.1016/s0304-3991(96)00083-6

Número de citas: 62 (Scopus)
  • CiteScore: 5 (2020)

New phylogenetic venues opened by a novel implementation of the DNAml algorithm

  • Trelles, O
  • Ceron, C
  • Wang, HC
  • Dopazo, J
  • Carazo, JM

Bioinformatics - 1/07/1998

10.1093/bioinformatics/14.6.544

Número de citas: 7 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • CiteScore: 9,9 (2020)
Open Access

Accessing Information on the Conformational Flexibility of Molecular Machines

  • Carazo, JM

Structure - 1/02/2004

10.1016/j.str.2004.01.017

Número de citas: 3 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 9 (2020)
  • SJR: 4,47 (2004)
  • SNIP: 1,507 (2004)
  • Categorías SJR: Molecular Biology (Q1); Structural Biology (Q1)
Open Access

Erratum: Crystal structure of a near-full-length archaeal MCM: Functional insights for an AAA+ hexameric helicase (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2008) 23:51 (20191-20196))

  • Brewster A.
  • Wang G.
  • Yu X.
  • Greenleaf W.
  • Carazo J.
  • Tjajadi M.
  • Klein M.
  • Chen X.
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PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA - 7/4/2009

Número de citas: 1 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 9,432 (2009)
  • CiteScore: 16,2 (2020)
  • SJR: 7,025 (2009)
  • SNIP: 2,563 (2009)
  • Impacto JCR a 5 años: 10,312
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

Dynamic Kinetochore Size Regulation Promotes Microtubule Capture And Chromosome Biorientation In Mitosis

  • Sacristan C
  • Ahmad M
  • Keller J
  • Fermie J
  • Groenewold V
  • Tromer E
  • Fish A
  • Melero R
  • Carazo JM
  • Klumperman J
  • Musacchio A
  • Perrakis A
  • Kops GJ
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03/2018

10.1101/279398

  • ORCID

iNEXT: a European facility network to stimulate translational structural biology

  • Rolf Boelens
  • Dmitri Svergun
  • Jan Ellenberg
  • Cusack, Stephen
  • Martin A. Walsh
  • Banci, Lucia
  • Harald Schwalbe
  • Perrakis, Anastassis
  • van Leeuwenhoek, Antoni
  • Vladimir Sklenar
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Hartmut Oschkinat
  • Thompson, Andrew
  • Thunnissen, Marjolein
  • Koster, Bram
  • Gordon Leonard
  • Brutscher, Bernhard
  • Stuart, David I.
  • Poul Nissen
  • Wacklin, Hanna
  • Perczel, Andras
  • Margarida Archer
  • Wierenga, Rik
  • Spyroulias, Georgios A.
  • Sussman, Joel
  • iNEXT Consortium
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Febs Letters - 06/2018

10.1002/1873-3468.13062

  • ORCID

ENRICH: a fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M
  • Sorzano COS
  • Des Georges A
  • Carazo JM
  • Vargas J

08/2018

10.1101/400317

  • ORCID

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Cuartil SJR: Q4
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q4)

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 11/05/24 5:00
Próxima recolección programada: 18/05/24 3:00