Carazo García, José María Autor

The first single particle analysis Map Challenge: A summary of the assessments

  • Heymann J.
  • Marabini R.
  • Kazemi M.
  • Sorzano C.
  • Holmdahl M.
  • Mendez J.
  • Stagg S.
  • Jonic S.
  • Palovcak E.
  • Armache J.
  • Zhao J.
  • Cheng Y.
  • Pintilie G.
  • Chiu W.
  • Patwardhan A.
  • Carazo J.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/11/2018

10.1016/j.jsb.2018.08.010

Número de citas: 14 (Web of Science) 9 (Scopus)

A new algorithm for high-resolution reconstruction of single particles by electron microscopy

  • Sorzano C.
  • Vargas J.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Jiménez A.
  • Maluenda D.
  • Melero R.
  • Martínez M.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Conesa P.
  • Vilas J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/11/2018

10.1016/j.jsb.2018.08.002

Número de citas: 22 (Web of Science) 15 (Scopus)

Advances in image processing for single-particle analysis by electron cryomicroscopy and challenges ahead

  • Vilas J.
  • Tabassum N.
  • Mota J.
  • Maluenda D.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Majtner T.
  • Carazo J.
  • Acton S.
  • Sorzano C.
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CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY - 1/10/2018

10.1016/j.sbi.2018.11.004

Número de citas: 13 (Web of Science) 7 (Scopus)
Open Access

X-ray structure of full-length human RuvB-Like 2-mechanistic insights into coupling between ATP binding and mechanical action

  • Silva, Sara T. N.
  • Brito, Jose A.
  • Arranz, Rocio
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Ebel, Christine
  • Doutch, James
  • Tully, Mark D.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Carrascosa, Jose L.
  • Matias, Pedro M.
  • Bandeiras, Tiago M.
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Scientific Reports - 13/09/2018

10.1038/s41598-018-31997-z Ver en origen

Número de citas: 16 (Web of Science) 10 (Scopus)

Blind estimation of DED camera gain in Electron Microscopy

  • Sorzano C.
  • Fernández-Giménez E.
  • Peredo-Robinson V.
  • Vargas J.
  • Majtner T.
  • Caffarena G.
  • Otón J.
  • Vilas J.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Melero R.
  • Gómez-Blanco J.
  • Cuenca J.
  • del Cano L.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Journal of Structural Biology - 1/08/2018

10.1016/j.jsb.2018.03.007

Número de citas: 6 (Web of Science) 5 (Scopus)

Dynamic kinetochore size regulation promotes microtubule capture and chromosome biorientation in mitosis

  • Sacristan, Carlos
  • Ahmad, Misbha Ud Din
  • Keller, Jenny
  • Fermie, Job
  • Groenewold, Vincent
  • Tromer, Eelco
  • Fish, Alexander
  • Melero, Roberto
  • Carazo, Jose Maria
  • Klumperman, Judith
  • Musacchio, Andrea
  • Perrakis, Anastassis
  • Kops, Geert J. P. L.
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NATURE CELL BIOLOGY - 1/07/2018

10.1038/s41556-018-0130-3

Número de citas: 63 (Web of Science) 34 (Scopus)

Agricultural residues are efficient abrasive tools for weed control

  • Perez-Ruiz, Manuel
  • Brenes, Rocio
  • Urbano, Jose M.
  • Slaughter, David C.
  • Forcella, Frank
  • Rodriguez-Lizana, Antonio

Agronomy for Sustainable Development - 1/04/2018

10.1007/s13593-018-0494-6 Ver en origen

Número de citas: 8 (Web of Science) 5 (Scopus)

Scipion web tools: Easy to use cryo-EM image processing over the web

  • Conesa Mingo, Pablo
  • Gutierrez, Jose
  • Quintana, Adrian
  • de la Rosa Trevin, Jose Miguel
  • Zaldivar-Peraza, Airen
  • Cuenca Alba, Jesus
  • Kazemi, Mohsen
  • Vargas, Javier
  • del Cano, Laura
  • Segura, Joan
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Maria Carazo, Jose
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PROTEIN SCIENCE - 1/01/2018

10.1002/pro.3315 Ver en origen

Número de citas: 12 (Web of Science) 7 (Scopus)
Open Access

3DCONS-DB: A Database of Position-Specific Scoring Matrices in Protein Structures

  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Sanchez Sorzano, Carlos Oscar
  • Maria Carazo, Jose
  • Segura, Joan

MOLECULES - 1/12/2017

10.3390/molecules22122230 Ver en origen

Número de citas: 29 (Web of Science) 15 (Scopus)

3DBIONOTES v2.0: A web server for the automatic annotation of macromolecular structures

  • Segura, Joan
  • Sanchez-Garcia, Ruben
  • Martinez, Marta
  • Cuenca-Alba, Jesus
  • Tabas-Madrid, Daniel
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.
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Bioinformatics - 15/11/2017

10.1093/bioinformatics/btx483 Ver en origen

Número de citas: 14 (Web of Science) 16 (Scopus)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)
Open Access

A GA-optimized neural network for classification of biological particles from electron-microscopy images

  • Merelo, JJ
  • Prieto, A
  • Moran, F
  • Marabini, R
  • Carazo, JM
  • Mira, J
  • MorenoDiaz, R
  • Cabestany, J
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Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) - 1/1/1997

10.1007/bfb0032577 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 1 (Scopus)
Open Access

ON A PROTOTYPE FOR A NEW DISTRIBUTED DATA-BASE OF VOLUME DATA OBTAINED BY 3D IMAGING

  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FERNANDEZ, JJJ
  • CARAZO, JM
  • LADJADJ, M
  • ODESANYA, O
  • FRANK, J
  • Robb, RA
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Visualization in Biomedical Computer 1994 - 9/09/1994

10.1117/12.185208 Ver en origen

Número de citas: 1 (Web of Science) 4 (Scopus)

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

  • Álvarez-Herrera, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Comas I
  • Coscollà, M.
  • Santiago F. Elena
  • Francés-Gómez, C.
  • Franco, M.L.
  • García Rasines, D.
  • Geller, R.
  • Carmen Gil
  • Fernando Gonzalez-Candelas
  • Hillung, J.
  • José Luis Llácer
  • Marina, A.
  • Marqués, M.C.
  • Naveiro Flores, R.
  • Ríos, D.
  • Rodríguez Santana, S.
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Ulzurum, E.
  • Vidal, M.
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44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Wieczór, M.
  • Krieger, J.
  • Orozco, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carmen Gil

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

Stream processing of CryoElectron Microscopy images at the acquisition site

  • D. Marchán
  • A. García-Mena
  • P. Conesa
  • Francisco Javier Chichón García
  • R. Arranz
  • Y. Fonseca-Reyna
  • L. del Caño
  • I. Sánchez-López
  • M. Iceta
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carlos Oscar S. Sorzano
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Instruct Biennial Structural Biology Conference - 2022

  • ORCID

FSC-Q: A method for quality analysis of cryoEM-derived models

  • Erney Ramírez-Aportela
  • David Maluenda Niubó
  • Fonseca, Yunior C.
  • Pablo Conesa Mingo
  • Roberto Marabini
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

  • ORCID

Scipion for tomography: An expansion of Scipion software framework towards integration, reproducibility and validation in cryo-electron tomography

  • Federico P. de Isidro-Gómez
  • de la Morena, Jorge Jimenez
  • Pablo Conesa Mingo
  • David Herreros
  • Fernandez-Gimenez, Estrella
  • Fonseca, Yunior C.
  • Strelak, David
  • J.J. Conesa
  • Ana Cuervo
  • Patricia Losana
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

10.1107/s0108767321097610

  • ORCID

Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

  • Lapenta, F.
  • Aupic, J.
  • Vezzoli, M.
  • Strmsek, Z.
  • Da Vela, S.
  • Svergun, D. I.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Roberto Melero
  • Jerala, R.
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Febs Open Bio - 07/2021

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

  • Alonso, F.
  • Emilio Cano
  • María P. Martín
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Jan Thiele

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Analysing cryoEM data quality in the post resolution revolution era: Validity criteria

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

LocalDeblur: An automatic map sharpening by restauration of local resolution

  • Ramirez-Aportela, E.
  • Vilas, J. L.
  • Carazo, J. M.
  • Sanchez Sorzano, C. O.

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

Este autor no tiene patentes.

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)
Open Access

ENRICH: A fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Georges A.d.
  • Abrishami V.
  • Vargas J.

Progress In Biophysics & Molecular Biology - 1/09/2021

10.1016/j.pbiomolbio.2021.01.001

Número de citas: 2 (Web of Science) 1 (Scopus)

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 20/04/24 8:36
Próxima recolección programada: 27/04/24 3:00