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Carazo García, José María Autor

Re-examining the spectra of macromolecules. Current practice of spectral quasi B-factor flattening

  • Vilas J.L.
  • Vargas J.
  • Martinez M.
  • Ramirez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Jimenez-Moreno A.
  • Garduño E.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Maluenda D.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Journal of Structural Biology - 1/03/2020

10.1016/j.jsb.2020.107447

Número de citas: 10 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 1,018 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q2)
Open Access

Quaternary structures of tumor suppressor p53 and a specific p53-DNA complex

  • Tidow, Henning
  • Melero, Roberto
  • Mylonas, Efstratios
  • Freund, Stefan M. V.
  • Grossmann, J. Guenter
  • Carazo, Jose Maria
  • Svergun, Dmitri I.
  • Valle, Mikel
  • Fersht, Alan R.
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PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA - 24/07/2007

10.1073/pnas.0705069104

Número de citas: 156 (Web of Science) 152 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 16,2 (2020)
  • SJR: 6,867 (2007)
  • SNIP: 2,459 (2007)
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)

Quaternary polymorphism of replicative helicase G40P: Structural mapping and domain rearrangement

  • Nunez-Ramirez, R
  • Robledo, Y
  • Mesa, P
  • Ayora, S
  • Alonso, JC
  • Carazo, JM
  • Donate, LE
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JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY - 7/04/2006

10.1016/j.jmb.2006.01.091

Número de citas: 13 (Web of Science) 13 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 8,5 (2020)
  • SJR: 3,947 (2006)
  • SNIP: 1,328 (2006)
  • Categorías SJR: Molecular Biology (Q1); Structural Biology (Q1)
Open Access

Quasi-atomic model of bacteriophage T7 procapsid shell: Insights into the structure and evolution of a basic fold

  • Agirrezabala, Xabier
  • Velazquez-Muriel, Javier A.
  • Gomez-Puertas, Paulino
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Carazo, Jose M.
  • Carrascosa, Jose L.

STRUCTURE - 1/04/2007

10.1016/j.str.2007.03.004

Número de citas: 52 (Web of Science) 48 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 9 (2020)
  • SJR: 4,424 (2007)
  • SNIP: 1,273 (2007)
  • Categorías SJR: Molecular Biology (Q1); Structural Biology (Q1)

Quantitative self-organizing maps for clustering electron tomograms

  • Pascual-Montano, A
  • Taylor, KA
  • Winkler, H
  • Pascual-Marqui, RD
  • Carazo, JM

Journal of Structural Biology - 20/04/2002

10.1016/s1047-8477(02)00008-4

Número de citas: 23 (Web of Science) 25 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 3,092 (2002)
  • SNIP: 1,298 (2002)
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q1)
Open Access

Quantitative analysis of 3D alignment quality: Its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas, J.
  • Melero, R.
  • Gomez-Blanco, J.
  • Carazo, J. M.
  • Sorzano, C. O. S.

Scientific Reports - 24/07/2017

10.1038/s41598-017-06526-z Ver en origen

Número de citas: 15 (Web of Science) 11 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2017)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 4,122 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,597 (2017)
  • CiteScore: 7,1 (2020)
  • SJR: 1,533 (2017)
  • SNIP: 1,263 (2017)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,609
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)

Purity, purposes, and possibilities of classification techniques in electron microscopy: A reply to comments by Marin van Heel

  • Frank J.
  • Bretaudiere J.
  • Carazo J.
  • Verschoor A.

Journal of Microscopy - 12/9/1990

Número de citas:
  • CiteScore: 3,7 (2020)

Purification and Organization of the Gene 1 Portal Protein Required for Phage P22 DNA Packaging

  • BAZINET, C
  • BENBASAT, J
  • KING, J
  • CARAZO, JM
  • CARRASCOSA, JL

Biochemistry - 1/03/1988

10.1021/bi00406a009

Número de citas: 80 (Web of Science) 73 (Scopus)
  • CiteScore: 5,5 (2020)

Protein dynamics developments for the large scale and cryoEM: case study of ProDy 2.0

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo
  • Ivet Bahar

Acta Crystallographica Section D-Structural Biology - 1/04/2022

10.1107/s2059798322001966

Número de citas: 6 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 2,2 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,7
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

Proposal for a new distributed database of macromolecular and subcellular structures from different areas of microscopy

  • Marabini, R.
  • Vaquerizo, C.
  • Fernández, J.J.
  • Carazo, J.M.
  • Engel, A.
  • Frank, J.

Journal of Structural Biology - 1/01/1996

10.1006/jsbi.1996.0026 Ver en origen

Número de citas: 11 (Web of Science) 13 (Scopus)
  • CiteScore: 5,5 (2020)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods In Molecular Biology (clifton, N.j.) - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 1,626 (2010)
  • CiteScore: 2,6 (2020)
  • SJR: 1,408 (2010)
  • SNIP: 0,493 (2010)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,185
  • Categorías JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Volumetric constraints in 3D tomography applied to electron microscopy

  • Marabini R.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Carazo J.

Proceedings - International Symposium on Biomedical Imaging - 1/1/2002

10.1109/isbi.2002.1029339 Ver en origen

Número de citas: 5 (Scopus)

Using Scipion for Stream Image Processing at CryoEM Facilities

  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Gomez-Blanco, J.
  • Conesa, P.
  • Rancel, Y.
  • del Cano, L.
  • Arranz, R.
  • Chichon, F. J.
  • Martin-Benito, J.
  • Carroni, M.
  • Fleichman, S.
  • Lindahl, E.
  • Basham, M.
  • Clare, D. K.
  • Savage, K.
  • Siebert, C. A.
  • Ashton, A. W.
  • Marabini, R.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Carazo, J. M.
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 07/2018

10.1107/s0108767318098380

  • Factor Impacto JCR: 1,878 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,647
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY

Two-way clustering of gene expression profiles by sparse matrix factorization

  • Pascual-Montano A.
  • Carmona-Sáez P.
  • Pascual-Marqui R.
  • Tirado F.
  • Carazo J.

2005 Ieee Computational Systems Bioinformatics Conference, Workshops and Poster Abstracts - 1/12/2005

10.1109/csbw.2005.137

Número de citas: 6 (Scopus)
  • Categorías SJR: Engineering (miscellaneous)

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Towards a data-bank of three-dimensional macromolecular structures: A WWW-based prototype

  • CARAZO, JM
  • MARABINI, R
  • VAQUERIZO, C
  • FRANK, J
  • Jouffrey, B
  • Colliex, C

Electron Microscopy 1994, Vol 1 - 1994

THREE-DIMENSIONAL RECONSTRUCTION BY THE DIRECT FOURIER METHOD: AN IMAGE SIMULATION APPROACH TO THE CASE OF INCOMPLETE DATA.

  • Carazo J.M.
  • Carrascosa J.
  • Santisteban A.

1/12/1985

Número de citas:

Three-dimensional domain mapping in the bacteriophage phi 29 connector

  • Jose Valpuesta
  • Mikel Valle
  • Jose-Jesus Fernandez
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Albar, JP
  • Leonor Kremer
  • José L. Carrascosa
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Electron Microscopy 1998, Vol 1 - 1998

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Wieczór, M.
  • Krieger, J.
  • Orozco, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carmen Gil

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

STUDY OF THE COLLARS EXTRACTED FROM T3 AND 029 VIRAL PARTICLES

  • MARCO, S
  • VALPUESTA, JM
  • CARAZO, JM
  • MARABINI, R
  • FUJISAWA, H
  • CARRASCOSA, JL
  • Jouffrey, B
  • Colliex, C
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Electron Microscopy 1994, Vols 3a and 3b - 1994

Structure of DnaB and DnaB.DnaC complex.

  • Carmen San Martín
  • Radermacher, M
  • Fedtke, B
  • Engel, A
  • Miles, CS
  • Dixon, NE
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Electron Microscopy 1998, Vol 1 - 1998

  • ORCID

Este autor no tiene patentes.

Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 7,464 (2021)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 7,913
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • CiteScore: 7,8 (2022)
  • SJR: 1,154 (2022)
  • SNIP: 1,263 (2022)

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

New phylogenetic venues opened by a novel implementation of the DNAml algorithm

  • Trelles, O
  • Ceron, C
  • Wang, HC
  • Dopazo, J
  • Carazo, JM

Bioinformatics - 1/07/1998

10.1093/bioinformatics/14.6.544

Número de citas: 7 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • CiteScore: 9,9 (2020)

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

iNEXT: a European facility network to stimulate translational structural biology

  • Rolf Boelens
  • Dmitri Svergun
  • Jan Ellenberg
  • Cusack, Stephen
  • Martin A. Walsh
  • Banci, Lucia
  • Harald Schwalbe
  • Perrakis, Anastassis
  • van Leeuwenhoek, Antoni
  • Vladimir Sklenar
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Hartmut Oschkinat
  • Thompson, Andrew
  • Thunnissen, Marjolein
  • Koster, Bram
  • Gordon Leonard
  • Brutscher, Bernhard
  • Stuart, David I.
  • Poul Nissen
  • Wacklin, Hanna
  • Perczel, Andras
  • Margarida Archer
  • Wierenga, Rik
  • Spyroulias, Georgios A.
  • Sussman, Joel
  • iNEXT Consortium
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Febs Letters - 1/06/2018

10.1002/1873-3468.13062

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Cuartil SJR: Q4
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q4)

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
  • Factor Impacto JCR: 6,7 (2022)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 6,7
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
  • Factor Impacto JCR: 3,4 (2022)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,4
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, PHYSICAL

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 18/05/24 5:01
Próxima recolección programada: 25/05/24 3:00