Carazo García, José María Autor

A deep learning approach to the automatic detection of alignment errors in cryo-electron tomographic reconstructions

  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Vilas J.L.
  • Losana P.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Structural Biology - 1/3/2024

10.1016/j.jsb.2023.108056

Número de citas:

Scipion Flexibility Hub: an integrative framework for advanced analysis of conformational heterogeneity in cryoEM

  • Herreros D.
  • Krieger J.M.
  • Fonseca Y.
  • Conesa P.
  • Harastani M.
  • Vuillemot R.
  • Hamitouche I.
  • Serrano Gutiérrez R.
  • Gragera M.
  • Melero R.
  • Jonic S.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Acta crystallographica. Section D, Structural biology - 1/7/2023

10.1107/s2059798323004497

Número de citas: 3 (Web of Science) 2 (Scopus)
Open Access

A Fijivirus Major Viroplasm Protein Shows RNA-Stimulated ATPase Activity by Adopting Pentameric and Hexameric Assemblies of Dimers

  • Llauger G.
  • Melero R.
  • Monti D.
  • Sycz G.
  • Huck-Iriart C.
  • Cerutti M.L.
  • Klinke S.
  • Mikkelsen E.
  • Tijman A.
  • Arranz R.
  • Alfonso V.
  • Arellano S.M.
  • Goldbaum F.A.
  • Sterckx Y.G.J.
  • Carazo J.M.
  • Kaufman S.B.
  • Dans P.D.
  • Del Vas M.
  • Otero L.H.
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mBio - 25/4/2023

10.1128/mbio.00023-23

Número de citas:

A new algorithm for particle weighted subtraction to decrease signals from unwanted components in single particle analysis

  • Fernández-Giménez E.
  • Martínez M.M.
  • Marabini R.
  • Strelak D.
  • Sánchez-García R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Journal of Structural Biology - 1/12/2023

10.1016/j.jsb.2023.108024

Número de citas:

Local defocus estimation in single particle analysis in cryo-electron microscopy

  • Fernandez-Gimenez E.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Structural Biology - 1/12/2023

10.1016/j.jsb.2023.108030

Número de citas:

Umbrella Data Management Plans to Integrate FAIR Data : Lessons From the ISIDORe and BY-COVID Consortia for Pandemic Preparedness

  • David R.
  • Richard A.S.
  • Connellan C.
  • Lauer K.B.
  • Chiusano M.L.
  • Goble C.
  • Houde M.
  • Kemmer I.
  • Keppler A.
  • Lieutaud P.
  • Ohmann C.
  • Panagiotopoulou M.
  • Khan S.R.
  • Rybina A.
  • Soiland-Reyes S.
  • Wit C.
  • Wittner R.
  • Buono R.A.
  • Marsh S.A.
  • Audergon P.
  • Bonfils D.
  • Carazo J.M.
  • Charrel R.
  • Coppens F.
  • Fecke W.
  • Filippone C.
  • Alvarez E.G.
  • Gul S.
  • Hermjakob H.
  • Herzog K.
  • Holub P.
  • Kozera L.
  • Lister A.L.
  • López-Coronado J.
  • Madon B.
  • Majcen K.
  • Martin W.
  • Müller W.
  • Papadopoulou E.
  • Prat C.M.A.
  • Romano P.
  • Sansone S.A.
  • Saunders G.
  • Blomberg N.
  • Ewbank J.
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Data Science Journal - 1/1/2023

10.5334/dsj-2023-035

Número de citas: 1 (Scopus)

ZART: A Novel Multiresolution Reconstruction Algorithm with Motion-blur Correction for Single Particle Analysis

  • Herreros D.
  • Kiska J.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Filipovic J.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Molecular Biology - 1/1/2023

10.1016/j.jmb.2023.168088

Número de citas: 2 (Web of Science) 3 (Scopus)

Performance and Quality Comparison of Movie Alignment Software for Cryogenic Electron Microscopy

  • David Střelák
  • Daniel Marchán
  • José María Carazo
  • Carlos O. S. Sorzano

Micromachines - 26/09/2023

10.3390/mi14101835

Número de citas:
Open Access

Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials

  • D. Herreros
  • R. R. Lederman
  • J. M. Krieger
  • A. Jiménez-Moreno
  • M. Martínez
  • D. Myška
  • D. Strelak
  • J. Filipovic
  • C. O. S. Sorzano
  • J. M. Carazo
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Nature Communications - 11/01/2023

10.1038/s41467-023-35791-y

Número de citas: 11 (Web of Science) 9 (Scopus)

Emerging Themes in CryoEM─Single Particle Analysis Image Processing

  • Vilas J.L.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

CHEMICAL REVIEWS - 14/9/2022

10.1021/acs.chemrev.1c00850

Número de citas: 9 (Web of Science)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

Scipion for tomography: An expansion of Scipion software framework towards integration, reproducibility and validation in cryo-electron tomography

  • Federico P. de Isidro-Gómez
  • de la Morena, Jorge Jimenez
  • Pablo Conesa Mingo
  • David Herreros
  • Fernandez-Gimenez, Estrella
  • Fonseca, Yunior C.
  • Strelak, David
  • J.J. Conesa
  • Ana Cuervo
  • Patricia Losana
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

10.1107/s0108767321097610

  • ORCID

FSC-Q: A method for quality analysis of cryoEM-derived models

  • Erney Ramírez-Aportela
  • David Maluenda Niubó
  • Fonseca, Yunior C.
  • Pablo Conesa Mingo
  • Roberto Marabini
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

  • ORCID

Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

  • Lapenta, F.
  • Aupic, J.
  • Vezzoli, M.
  • Strmsek, Z.
  • Da Vela, S.
  • Svergun, D. I.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Roberto Melero
  • Jerala, R.
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Febs Open Bio - 07/2021

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Analysing cryoEM data quality in the post resolution revolution era: Validity criteria

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Outlier detection for single particle analysis in Electron Microscopy

  • Sorzano, C. O. S.
  • Vargas, J.
  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Zaldivar-Peraza, A.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • Foche, I.
  • Marabini, R.
  • Caffarena, G.
  • Carazo, J. M.
  • Ortuno, F
  • Rojas, I
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PROCEEDINGS IWBBIO 2014: INTERNATIONAL WORK-CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING, VOLS 1 AND 2 - 2014

Número de citas: 10 (Web of Science)

AN IMAGE PROCESSING APPROACH TO THE SIMULATION OF ELECTRON MICROSCOPY VOLUMES OF ATOMIC STRUCTURES

  • Sorzano, C.O.S.
  • Vargas, J.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • De La Rosa-Trevin, J.M.
  • Del Riego, S.
  • Fernandez-Alderete, A.
  • Martinez-Rey, C.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J.M.
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2014 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON IMAGE PROCESSING (ICIP) - 28/1/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Número de citas:

Este autor no tiene patentes.

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)

Author Correction: Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules (Nature Communications, (2021), 12, 1, (939), 10.1038/s41467-021-21184-6)

  • Lapenta F.
  • Aupič J.
  • Vezzoli M.
  • Strmšek Ž.
  • Da Vela S.
  • Svergun D.I.
  • Carazo J.M.
  • Melero R.
  • Jerala R.
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Nature Communications - 1/12/2021

10.1038/s41467-021-21969-9

Número de citas:

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

17/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v2

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 23/03/24 8:38
Próxima recolección programada: 30/03/24 3:00