RDF/XML JSON-LD N3/Turtle RDF/JSON

Carazo García, José María Autor

ZART: A Novel Multiresolution Reconstruction Algorithm with Motion-blur Correction for Single Particle Analysis

  • Herreros D.
  • Kiska J.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Filipovic J.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Journal of Molecular Biology - 1/1/2023

10.1016/j.jmb.2023.168088

Número de citas: 2 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • CiteScore: 10,8 (2022)
  • SJR: 2,421 (2022)
  • SNIP: 1,281 (2022)

XTEND: Extending the depth of field in cryo soft X-ray tomography

  • Otón J.
  • Pereiro E.
  • Conesa J.
  • Chichón F.
  • Luque D.
  • Rodríguez J.
  • Pérez-Berná A.
  • Sorzano C.
  • Klukowska J.
  • Herman G.
  • Vargas J.
  • Marabini R.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
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Scientific Reports - 4/04/2017

10.1038/srep45808

Número de citas: 13 (Web of Science) 12 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q1 (2017)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 4,122 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,886 (2017)
  • CiteScore: 7,1 (2020)
  • SJR: 1,533 (2017)
  • SNIP: 1,263 (2017)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,609
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)
Open Access

X-ray structure of full-length human RuvB-Like 2-mechanistic insights into coupling between ATP binding and mechanical action

  • Silva, Sara T. N.
  • Brito, Jose A.
  • Arranz, Rocio
  • Sorzano, Carlos Oscar S.
  • Ebel, Christine
  • Doutch, James
  • Tully, Mark D.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Carrascosa, Jose L.
  • Matias, Pedro M.
  • Bandeiras, Tiago M.
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Scientific Reports - 13/09/2018

10.1038/s41598-018-31997-z Ver en origen

Número de citas: 16 (Web of Science) 10 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 4,011 (2018)
  • CiteScore: 4,29 (2018)
  • SJR: 1,414 (2018)
  • SNIP: 1,24 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,525
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)

Xmipp: An image processing package for electron microscopy

  • Marabini, R.
  • Masegosa, I.M.
  • San Martín, M.C.
  • Marco, S.
  • Fernández, J.J.
  • De La Fraga, L.G.
  • Vaquerizo, C.
  • Carazo, J.M.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/01/1996

10.1006/jsbi.1996.0036 Ver en origen

Número de citas: 169 (Web of Science) 169 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 3,071 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 3,149 (1996)
  • CiteScore: 5,5 (2020)

XMIPP: a new generation of an open-source image processing package for electron microscopy

  • Sorzano, C.O.S.
  • Marabini, R.
  • Velázquez-Muriel, J.
  • Bilbao-Castro, J.R.
  • Scheres, S.H.W.
  • Carazo, J.M.
  • Pascual-Montano, A.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/11/2004

10.1016/j.jsb.2004.06.006 Ver en origen

Número de citas: 380 (Web of Science) 363 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2004)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 3,132 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 6,073 (2004)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,385 (2004)
  • SNIP: 1,286 (2004)
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q2)

Xmipp 3.0: An improved software suite for image processing in electron microscopy

  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Oton, J.
  • Marabini, R.
  • Zaldivar, A.
  • Vargas, J.
  • Carazo, J. M.
  • Sorzano, C. O. S.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/11/2013

10.1016/j.jsb.2013.09.015 Ver en origen

Número de citas: 217 (Web of Science) 172 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2013)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 3,369 (2013)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 5,507 (2013)
  • CiteScore: 5,5 (2020)
  • SJR: 2,596 (2013)
  • SNIP: 1,256 (2013)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,407
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q1)
Open Access

West-Life: A Virtual Research Environment for structural biology

  • Morris C.
  • Andreetto P.
  • Banci L.
  • Bonvin A.M.J.J.
  • Chojnowski G.
  • Cano L.d.
  • Carazo J.M.
  • Conesa P.
  • Daenke S.
  • Damaskos G.
  • Giachetti A.
  • Haley N.E.C.
  • Hekkelman M.L.
  • Heuser P.
  • Joosten R.P.
  • Kouřil D.
  • Křenek A.
  • Kulhánek T.
  • Lamzin V.S.
  • Nadzirin N.
  • Perrakis A.
  • Rosato A.
  • Sanderson F.
  • Segura J.
  • Schaarschmidt J.
  • Sobolev E.
  • Traldi S.
  • Trellet M.E.
  • Velankar S.
  • Verlato M.
  • Winn M.
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Journal of Structural Biology: X - 1/01/2019

10.1016/j.yjsbx.2019.100006

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 3,071 (null)
  • CiteScore: 1,7 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 3,529
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology

Volumetric restrictions in single particle 3DEM reconstruction

  • Sorzano, C.O.S.
  • Velázquez-Muriel, J.A.
  • Marabini, R.
  • Herman, G.T.
  • Carazo, J.M.

Pattern Recognition - 1/02/2008

10.1016/j.patcog.2007.06.010 Ver en origen

Número de citas: 10 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2008)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 3,279 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,326 (2008)
  • CiteScore: 15,7 (2020)
  • SJR: 1,196 (2008)
  • SNIP: 2,213 (2008)
  • Categorías SJR: Artificial Intelligence (Q1); Computer Vision and Pattern Recognition (Q1); Signal Processing (Q1); Software (Q1)
Open Access

Variations of the three-dimensional structure of the Escherichia coli ribosome in the range of overlap views. An application of the methods of multicone and local single-cone three-dimensional reconstruction.

  • CARAZO, JM
  • WAGENKNECHT, T
  • FRANK, J

Biophysical Journal - 1/03/1989

10.1016/s0006-3495(89)82840-1

Número de citas: 27 (Web of Science) 25 (Scopus)
  • CiteScore: 6,3 (2020)

Validation of electron microscopy initial models via small angle X-ray scattering curves

  • Jiménez A.
  • Jonic S.
  • Majtner T.
  • Otón J.
  • Vilas J.
  • Maluenda D.
  • Mota J.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Rancel Y.
  • Segura J.
  • Sánchez-García R.
  • Melero R.
  • Del Cano L.
  • Conesa P.
  • Skjaerven L.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
  • Sorzano C.
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Bioinformatics - 15/07/2019

10.1093/bioinformatics/bty985

Número de citas: 6 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 5,61 (2019)
  • CiteScore: 9,9 (2020)
  • SJR: 3,567 (2019)
  • SNIP: 1,864 (2019)
  • Impacto JCR a 5 años: 9,853
  • Categorías JCR: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY
  • Categorías SJR: Biochemistry (Q1); Computational Mathematics (Q1); Computational Theory and Mathematics (Q1); Computer Science Applications (Q1); Molecular Biology (Q1); Statistics and Probability (Q1)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,156 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Semiautomatic, high-throughput, high-resolution protocol for three-dimensional reconstruction of single particles in electron microscopy

  • Sorzano C.
  • De La Rosa Trevín J.
  • Otón J.
  • Vega J.
  • Cuenca J.
  • Zaldívar-Peraza A.
  • Gómez-Blanco J.
  • Vargas J.
  • Quintana A.
  • Marabini R.
  • Carazo J.
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Methods In Molecular Biology (clifton, N.j.) - 1/1/2013

10.1007/978-1-62703-137-0_11

Número de citas: 14 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,751 (2013)
  • SNIP: 0,362 (2013)
  • Categorías SJR: Genetics (Q3); Molecular Biology (Q3)

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2014)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,312 (2014)
  • CiteScore: 0,8 (2020)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2,2 (2020)
  • SJR: 0,711 (2020)
  • SNIP: 0,57 (2020)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 1,626 (2010)
  • CiteScore: 2,6 (2020)
  • SJR: 1,408 (2010)
  • SNIP: 0,493 (2010)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,185
  • Categorías JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

  • Lapenta, F.
  • Aupic, J.
  • Vezzoli, M.
  • Strmsek, Z.
  • Da Vela, S.
  • Svergun, D. I.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Roberto Melero
  • Jerala, R.
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Febs Open Bio - 07/2021

  • ORCID

Molecular image registration using mutual information and differential evolution optimization

  • Telenczuk, Bartosz
  • Ledesma-Carbayo, Marta J.
  • Velazquez-Muriel, Javier A.
  • Sorzano, Carlos O. S.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Santos, Andres
  • IEEE
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2006 3rd Ieee International Symposium On Biomedical Imaging: From Nano To Macro - Proceedings - 17/11/2006

Número de citas: 4 (Web of Science) 11 (Scopus)

Modeling shape and topology of 3D images of biological specimens

  • De-Alarcón P.
  • Pascual-Montano A.
  • Gupta A.
  • Carazo J.

2014 22nd International Conference On Pattern Recognition (icpr) - 1/12/2002

Número de citas: 1 (Scopus)
  • CiteScore: 2,9 (2019)
  • SJR: 0,32 (2002)
  • SNIP: 0,954 (2002)
  • Categorías SJR: Computer Vision and Pattern Recognition

Moara Project: A Flexible and Trainable Java Library for the Gene/Protein Recognition and Normalization Tasks.

  • M.L. Neves
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • A. Pascual-Montano.

Ismb 2009 - 2009

  • ORCID

Minisymposium \"New Trends in the Analysis of Functional Genomics Data\"

  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Pascual, Alberto

Progress In Industrial Mathematics At Ecmi - 2008

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

  • Alonso, F.
  • Emilio Cano
  • María P. Martín
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Jan Thiele

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID
Open Access

Mapping strategies for sequential sequence comparison algorithms on LAN-based message passing architectures

  • Trelles-Salazar O.
  • Zapata E.L.
  • Carazo J.M.

Lecture Notes In Computer Science - 1/1/1994

10.1007/bfb0020372

Número de citas: 6 (Scopus)
  • CiteScore: 1,8 (2020)

LocalDeblur: An automatic map sharpening by restauration of local resolution

  • Ramirez-Aportela, E.
  • Vilas, J. L.
  • Carazo, J. M.
  • Sanchez Sorzano, C. O.

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • Factor Impacto JCR: 2,094 (2019)
  • Impacto JCR a 5 años: 1,888
  • Categorías JCR: BIOPHYSICS

In the quest of order: The role of pattern recognition in microscopy image analysis

  • Carazo J.M.

Microscopy and Microanalysis - 1/09/2003

10.1017/s1431927603000047

Número de citas:
  • Cuartil SJR: Q3
  • CiteScore: 2,8 (2020)
  • SJR: 0,208 (2003)
  • SNIP: 0,412 (2003)
  • Categorías SJR: Instrumentation (Q3)

Improving 3D reconstructions of macromolecular conformations

  • Kazemi, M.
  • Sorzano, C. O. S.
  • Georges, A. Des
  • Carazo, J. M.
  • Vargas, J.

Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 07/2018

10.1107/s0108767318098446

  • Factor Impacto JCR: 1,878 (2018)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,647
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY

Este autor no tiene patentes.

Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Factor Impacto JCR: 7,464 (2021)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 7,913
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)
  • CiteScore: 7,8 (2022)
  • SJR: 1,154 (2022)
  • SNIP: 1,263 (2022)

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

New phylogenetic venues opened by a novel implementation of the DNAml algorithm

  • Trelles, O
  • Ceron, C
  • Wang, HC
  • Dopazo, J
  • Carazo, JM

Bioinformatics - 1/07/1998

10.1093/bioinformatics/14.6.544

Número de citas: 7 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • CiteScore: 9,9 (2020)

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v1

  • ORCID

iNEXT: a European facility network to stimulate translational structural biology

  • Rolf Boelens
  • Dmitri Svergun
  • Jan Ellenberg
  • Cusack, Stephen
  • Martin A. Walsh
  • Banci, Lucia
  • Harald Schwalbe
  • Perrakis, Anastassis
  • van Leeuwenhoek, Antoni
  • Vladimir Sklenar
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Hartmut Oschkinat
  • Thompson, Andrew
  • Thunnissen, Marjolein
  • Koster, Bram
  • Gordon Leonard
  • Brutscher, Bernhard
  • Stuart, David I.
  • Poul Nissen
  • Wacklin, Hanna
  • Perczel, Andras
  • Margarida Archer
  • Wierenga, Rik
  • Spyroulias, Georgios A.
  • Sussman, Joel
  • iNEXT Consortium
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Febs Letters - 06/2018

10.1002/1873-3468.13062

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)
  • Cuartil SJR: Q4
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: CELL BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q4)

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
  • Factor Impacto JCR: 6,7 (2022)
  • CiteScore: 10,5 (2021)
  • SJR: 2,596 (2021)
  • SNIP: 1,618 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 6,7
  • Categorías JCR: VIROLOGY

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

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