Carazo García, José María Autor

Advances in xmipp for cryo–electron microscopy: From xmipp to scipion

  • Strelak D.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Sánchez-García R.
  • Maluenda D.
  • Vargas J.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Horacek J.
  • Myska D.
  • Horacek M.
  • Conesa P.
  • Fonseca-Reyna Y.C.
  • Jiménez J.
  • Martínez M.
  • Harastani M.
  • Jonić S.
  • Filipovic J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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MOLECULES - 1/10/2021

10.3390/molecules26206224

Número de citas: 17 (Web of Science)
Open Access

ENRICH: A fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Georges A.d.
  • Abrishami V.
  • Vargas J.

PROGRESS IN BIOPHYSICS and MOLECULAR BIOLOGY - 1/1/2021

10.1016/j.pbiomolbio.2021.01.001

Número de citas: 2 (Web of Science) 1 (Scopus)

3DBionotes COVID-19 Edition.

  • Macias JR
  • Sanchez-Garcia R
  • Conesa P
  • Ramirez-Aportela E
  • Martinez Gonzalez M
  • Wert-Carvajal C
  • Parra-Perez AM
  • Segura Mora J
  • Horrell S
  • Thorn A
  • Carazo JM
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Bioinformatics (Oxford, England) - 15/05/2021

10.1093/bioinformatics/btab397

Número de citas: 1 (Web of Science)

Integration of Cryo-EM Model Building Software in Scipion

  • Martínez M.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Fonseca Y.C.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Conesa J.J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro F.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Marabini R.
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Journal of Chemical Information and Modeling - 26/5/2020

10.1021/acs.jcim.9b01032

Número de citas: 16 (Web of Science) 8 (Scopus)
Open Access

Ribosome-associated vesicles: A dynamic subcompartment of the endoplasmic reticulum in secretory cells

  • Carter S.D.
  • Hampton C.M.
  • Langlois R.
  • Melero R.
  • Farino Z.J.
  • Calderon M.J.
  • Li W.
  • Wallace C.T.
  • Tran N.H.
  • Grassucci R.A.
  • Siegmund S.E.
  • Pemberton J.
  • Morgenstern T.J.
  • Eisenman L.
  • Aguilar J.I.
  • Greenberg N.L.
  • Levy E.S.
  • Yi E.
  • Mitchell W.G.
  • Rice W.J.
  • Wigge C.
  • Pilli J.
  • George E.W.
  • Aslanoglou D.
  • Courel M.
  • Freyberg R.J.
  • Javitch J.A.
  • Wills Z.P.
  • Area-Gomez E.
  • Shiva S.
  • Bartolini F.
  • Volchuk A.
  • Murray S.A.
  • Aridor M.
  • Fish K.N.
  • Walter P.
  • Balla T.
  • Fass D.
  • Wolf S.G.
  • Watkins S.C.
  • Carazo J.M.
  • Jensen G.J.
  • Frank J.
  • Freyberg Z.
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Science Advances - 1/4/2020

10.1126/sciadv.aay9572

Número de citas: 30 (Web of Science) 11 (Scopus)

Re-examining the spectra of macromolecules. Current practice of spectral quasi B-factor flattening

  • Vilas J.L.
  • Vargas J.
  • Martinez M.
  • Ramirez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Jimenez-Moreno A.
  • Garduño E.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Maluenda D.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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Journal of Structural Biology - 1/3/2020

10.1016/j.jsb.2020.107447

Número de citas: 10 (Web of Science) 4 (Scopus)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps

  • Ramírez-Aportela E.
  • Vilas J.
  • Glukhova A.
  • Melero R.
  • Conesa P.
  • Martínez M.
  • Maluenda D.
  • Mota J.
  • Jiménez A.
  • Vargas J.
  • Marabini R.
  • Sexton P.
  • Carazo J.
  • Sorzano C.
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BIOINFORMATICS - 1/2/2020

10.1093/bioinformatics/btz671

Número de citas: 76 (Web of Science) 36 (Scopus)

Measuring local-directional resolution and local anisotropy in cryo-EM maps

  • Jose Luis Vilas
  • Hemant D. Tagare
  • Javier Vargas
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S. Sorzano

Nature Communications - 1/12/2020

10.1038/s41467-019-13742-w

Número de citas: 20 (Web of Science) 13 (Scopus)

Continuous flexibility analysis of SARS-CoV-2 spike prefusion structures

  • Melero R.
  • Sorzano C.O.S.
  • Foster B.
  • Vilas J.L.
  • Martínez M.
  • Marabini R.
  • Ramiacute;rez-Aportela E.
  • Sanchez-Garcia R.
  • Herreros D.
  • Del Caño L.
  • Losana P.
  • Fonseca-Reyna Y.C.
  • Conesa P.
  • Wrapp D.
  • Chacon P.
  • McLellan J.S.
  • Tagare H.D.
  • Carazo J.M.
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IUCrJ - 1/11/2020

10.1107/s2052252520012725

Número de citas: 33 (Web of Science) 15 (Scopus)

Local resolution estimates of cryoEM reconstructions

  • Vilas J.L.
  • Heymann J.B.
  • Tagare H.D.
  • Ramirez-Aportela E.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Current Opinion in Structural Biology - 1/10/2020

10.1016/j.sbi.2020.06.005

Número de citas: 15 (Web of Science) 4 (Scopus)
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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Methods in Molecular Biology - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 5 (Web of Science) 1 (Scopus)

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J.
  • Sorzano C.
  • Chichón F.
  • Carrascosa J.
  • Carazo J.
  • Marabini R.

Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8

Número de citas: 4 (Web of Science) 3 (Scopus)

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano C.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Otón J.
  • Cuenca-Alba J.
  • Quintana A.
  • de la Rosa-Trevín J.
  • Carazo J.
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Applied and Numerical Harmonic Analysis - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2

Número de citas: 9 (Web of Science) 4 (Scopus)

AN INTRODUCTION TO MAXIMUM-LIKELIHOOD METHODS IN CRYO-EM

  • Sigworth, Fred J.
  • Doerschuk, Peter C.
  • Carazo, Jose-Maria
  • Scheres, Sjors H. W.
  • Jensen, GJ

Methods in Enzymology - 1/1/2010

10.1016/s0076-6879(10)82011-7

Número de citas: 67 (Web of Science) 52 (Scopus)

Exploring the conformational flexibility of molecular machines

  • Sjors Scheres
  • Herman, Gabor T.
  • Jose Maria Carazo Garcia

Mathematical Methods In Biomedical Imaging and Intensity-modulated Radiation Therapy (imrt) - 2008

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 18 (Scopus)

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

Scipion for tomography: An expansion of Scipion software framework towards integration, reproducibility and validation in cryo-electron tomography

  • Federico P. de Isidro-Gómez
  • de la Morena, Jorge Jimenez
  • Pablo Conesa Mingo
  • David Herreros
  • Fernandez-Gimenez, Estrella
  • Fonseca, Yunior C.
  • Strelak, David
  • J.J. Conesa
  • Ana Cuervo
  • Patricia Losana
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

10.1107/s0108767321097610

  • ORCID

FSC-Q: A method for quality analysis of cryoEM-derived models

  • Erney Ramírez-Aportela
  • David Maluenda Niubó
  • Fonseca, Yunior C.
  • Pablo Conesa Mingo
  • Roberto Marabini
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2021

  • ORCID

Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

  • Lapenta, F.
  • Aupic, J.
  • Vezzoli, M.
  • Strmsek, Z.
  • Da Vela, S.
  • Svergun, D. I.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Roberto Melero
  • Jerala, R.
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Febs Open Bio - 07/2021

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Analysing cryoEM data quality in the post resolution revolution era: Validity criteria

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Towards High Throughput cryoEM data acquisition and processing, assuring reproducibility

  • Jose Maria Carazo Garcia

European Biophysics Journal With Biophysics Letters - 07/2019

  • ORCID

Outlier detection for single particle analysis in Electron Microscopy

  • Sorzano, C. O. S.
  • Vargas, J.
  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Zaldivar-Peraza, A.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • Foche, I.
  • Marabini, R.
  • Caffarena, G.
  • Carazo, J. M.
  • Ortuno, F
  • Rojas, I
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PROCEEDINGS IWBBIO 2014: INTERNATIONAL WORK-CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING, VOLS 1 AND 2 - 2014

Número de citas: 10 (Web of Science)

AN IMAGE PROCESSING APPROACH TO THE SIMULATION OF ELECTRON MICROSCOPY VOLUMES OF ATOMIC STRUCTURES

  • Sorzano, C.O.S.
  • Vargas, J.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • De La Rosa-Trevin, J.M.
  • Del Riego, S.
  • Fernandez-Alderete, A.
  • Martinez-Rey, C.
  • Marabini, R.
  • Carazo, J.M.
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2014 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON IMAGE PROCESSING (ICIP) - 28/1/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Número de citas:

Este autor no tiene patentes.

Scipion-EM-ProDy: A Graphical Interface for the ProDy Python Package within the Scipion Workflow Engine enabling Integration of Databases, Simulations and Cryo-Electron Microscopy Image Processing

  • James Michael Krieger
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo

International Journal of Molecular Sciences - 10/08/2023

10.3390/ijms241814245

Número de citas: 2 (Web of Science) 2 (Scopus)

Erratum: Image processing tools for the validation of CryoEM maps (Faraday Discussions (2022) DOI: 10.1039/D2FD00059H)

  • Sorzano C.O.S.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Krieger J.
  • Del Hoyo D.
  • Herreros D.
  • Fernandez-Giménez E.
  • Marchán D.
  • De Isidro Gómez F.
  • Macías J.R.
  • Sánchez I.
  • Del Caño L.
  • Fonseca-Reyna Y.
  • Conesa P.
  • García-Mena A.
  • Burguet J.
  • García Condado J.
  • Méndez García J.
  • Martínez M.
  • Muñoz-Barrutia A.
  • Marabini R.
  • Vargas J.
  • Carazo J.M.
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FARADAY DISCUSSIONS - 11/11/2022

10.1039/d2fd90074b

Número de citas:
Open Access

Erratum: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation (PLoS Pathog (2022) 18:7 (e1010631) DOI: 10.1371/journal.ppat.1010631)

  • Ginex T.
  • Marco-Marín C.
  • Wieczór M.
  • Mata C.
  • Krieger J.
  • Ruiz-Rodriguez P.
  • López-Redondo M.L.
  • Francés-Gómez C.
  • Melero R.
  • Sánchez-Sorzano C.Ó.
  • Martínez M.
  • Gougeard N.
  • Forcada-Nadal A.
  • Zamora-Caballero S.
  • Gozalbo-Rovira R.
  • Sanz-Frasquet C.
  • Arranz R.
  • Bravo J.
  • Rubio V.
  • Marina A.
  • Geller R.
  • Comas I.
  • Gil C.
  • Coscolla M.
  • Orozco M.
  • Llácer J.L.
  • Carazo J.M.
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PLoS Pathogens - 1/11/2022

10.1371/journal.ppat.1010995

Número de citas:
Open Access

The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the case of the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Clara Marco-Marín
  • Miłosz Wieczór
  • Carlos P. Mata
  • James Krieger
  • Maria Luisa López-Redondo
  • Clara Francés-Gómez
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Roberto Melero
  • Carlos Óscar Sánchez-Sorzano
  • Marta Martínez
  • Nadine Gougeard
  • Alicia Forcada-Nadal
  • Sara Zamora-Caballero
  • Roberto Gozalbo-Rovira
  • Carla Sanz-Frasquet
  • Jeronimo Bravo
  • Vicente Rubio
  • Alberto Marina
  • Ron Geller
  • Iñaki Comas
  • Carmen Gil
  • Mireia Coscolla
  • Modesto Orozco
  • José Luis Llácer
  • José-Maria Carazo
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PLoS Pathogens - 7/12/2021

10.1371/journal.ppat.1010631

Número de citas: 8 (Web of Science)

Author Correction: Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules (Nature Communications, (2021), 12, 1, (939), 10.1038/s41467-021-21184-6)

  • Lapenta F.
  • Aupič J.
  • Vezzoli M.
  • Strmšek Ž.
  • Da Vela S.
  • Svergun D.I.
  • Carazo J.M.
  • Melero R.
  • Jerala R.
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Nature Communications - 1/12/2021

10.1038/s41467-021-21969-9

Número de citas:

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

17/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v2

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

Improvements on marker-free images alignment for electron tomography

  • C.O.S. Sorzano
  • F. de Isidro-Gómez
  • E. Fernández-Giménez
  • D. Herreros
  • S. Marco
  • J.M. Carazo
  • C. Messaoudi
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Journal of Structural Biology: X - 24/05/2020

10.1101/2020.05.22.110445

Número de citas: 8 (Web of Science)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

Scopus: 52

Web of Science: 54

Scopus: 178

Web of Science: 192

Última actualización de los datos: 23/03/24 8:38
Próxima recolección programada: 30/03/24 3:00