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Carazo García, José María Autor

Open Access

Advances in Xmipp for Cryo-Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

  • Strelak D.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Vilas J.L.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Sánchez-García R.
  • Maluenda D.
  • Vargas J.
  • Herreros D.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.P.
  • Horacek J.
  • Myska D.
  • Horacek M.
  • Conesa P.
  • Fonseca-Reyna Y.C.
  • Jiménez J.
  • Martínez M.
  • Harastani M.
  • Jonić S.
  • Filipovic J.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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MOLECULES - 1/10/2021

10.3390/molecules26206224

Número de citas: 20 (Web of Science) 20 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 4,927 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,11
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY
Open Access

FSC-Q: a CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier shell correlation

  • Ramírez-Aportela E.
  • Maluenda D.
  • Fonseca Y.C.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Heymann J.B.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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NATURE COMMUNICATIONS - 4/1/2021

10.1038/s41467-020-20295-w

Número de citas: 26 (Web of Science) 22 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 17,694 (2021)
  • CiteScore: 24,9 (2023)
  • SJR: 4,846 (2021)
  • SNIP: 3,376 (2021)
  • Impacto JCR a 5 años: 17,764
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
Open Access

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano C.O.S.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Martínez M.
  • Cuervo A.
  • Melero R.
  • Conesa J.J.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Filipovic J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro-Gómez F.
  • Herreros D.
  • Conesa P.
  • del Caño L.
  • Fonseca Y.
  • de la Morena J.J.
  • Macías J.R.
  • Losana P.
  • Marabini R.
  • Carazo J.M.
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STRUCTURAL PROTEOMICS, 3 EDITION - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13

Número de citas: 6 (Web of Science) 5 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q2 (2021)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 0,595 (2021)
  • CiteScore: 2 (2023)
  • SJR: 0,368 (2021)

FSC-Q: Analyzing the quality of cryoEM-derived models

  • Erney Ramírez-Aportela
  • David Maluenda Niubó
  • Yunior Fonseca
  • Pablo Conesa Mingo
  • Roberto Marabini
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Microscopy and Microanalysis - 30/07/2021

10.1017/s143192762100088x

  • ORCID
Open Access

FlexAlign: An Accurate and Fast Algorithm for Movie Alignment in Cryo-Electron Microscopy

  • David Střelák
  • Jiří Filipovič
  • Amaya Jiménez-Moreno
  • Jose María Carazo
  • Carlos Óscar S. Sorzano

ELECTRONICS - 23/6/2020

10.3390/electronics9061040

Número de citas: 4 (Web of Science) 4 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 2,397 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 2,408
  • Categorías JCR: COMPUTER SCIENCE, INFORMATION SYSTEMS

MicrographCleaner: A python package for cryo-EM micrograph cleaning using deep learning

  • Sanchez-Garcia R.
  • Segura J.
  • Maluenda D.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.

JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/6/2020

10.1016/j.jsb.2020.107498

Número de citas: 27 (Web of Science) 30 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • CiteScore: 6,3 (2023)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 0,997 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q2)

Integration of Cryo-EM Model Building Software in <i>Scipion</i>

  • Martínez M.
  • Jiménez-Moreno A.
  • Maluenda D.
  • Ramírez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Cuervo A.
  • Conesa P.
  • Del Caño L.
  • Fonseca Y.C.
  • Sánchez-García R.
  • Strelak D.
  • Conesa J.J.
  • Fernández-Giménez E.
  • de Isidro F.
  • Sorzano C.O.S.
  • Carazo J.M.
  • Marabini R.
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JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING - 26/5/2020

10.1021/acs.jcim.9b01032

Número de citas: 17 (Web of Science) 17 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 4,956 (2020)
  • CiteScore: 9,8 (2023)
  • SJR: 1,24 (2020)
  • SNIP: 1,271 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 5,39
  • Categorías JCR: CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY
Open Access

Ribosome-associated vesicles: A dynamic subcompartment of the endoplasmic reticulum in secretory cells

  • Carter S.D.
  • Hampton C.M.
  • Langlois R.
  • Melero R.
  • Farino Z.J.
  • Calderon M.J.
  • Li W.
  • Wallace C.T.
  • Tran N.H.
  • Grassucci R.A.
  • Siegmund S.E.
  • Pemberton J.
  • Morgenstern T.J.
  • Eisenman L.
  • Aguilar J.I.
  • Greenberg N.L.
  • Levy E.S.
  • Yi E.
  • Mitchell W.G.
  • Rice W.J.
  • Wigge C.
  • Pilli J.
  • George E.W.
  • Aslanoglou D.
  • Courel M.
  • Freyberg R.J.
  • Javitch J.A.
  • Wills Z.P.
  • Area-Gomez E.
  • Shiva S.
  • Bartolini F.
  • Volchuk A.
  • Murray S.A.
  • Aridor M.
  • Fish K.N.
  • Walter P.
  • Balla T.
  • Fass D.
  • Wolf S.G.
  • Watkins S.C.
  • Carazo J.M.
  • Jensen G.J.
  • Frank J.
  • Freyberg Z.
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SCIENCE ADVANCES - 1/4/2020

10.1126/sciadv.aay9572

Número de citas: 34 (Web of Science) 40 (Scopus)
  • Cuartil JCR: Q1 (2020)
  • Factor Impacto JCR: 14,143 (2022)
  • Impacto Normalizado por Categoría: 1,359 (2020)
  • CiteScore: 16,6 (2020)
  • SJR: 5,928 (2020)
  • SNIP: 3,445 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 16,45
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES

Re-examining the spectra of macromolecules. Current practice of spectral quasi B-factor flattening

  • Vilas J.L.
  • Vargas J.
  • Martinez M.
  • Ramirez-Aportela E.
  • Melero R.
  • Jimenez-Moreno A.
  • Garduño E.
  • Conesa P.
  • Marabini R.
  • Maluenda D.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.
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JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY - 1/3/2020

10.1016/j.jsb.2020.107447

Número de citas: 10 (Web of Science) 8 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q2
  • Factor Impacto JCR: 2,867 (2020)
  • CiteScore: 6,3 (2023)
  • SJR: 2,564 (2020)
  • SNIP: 0,997 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 4,474
  • Categorías JCR: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY
  • Categorías SJR: Structural Biology (Q2)

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps

  • Ramírez-Aportela E.
  • Vilas J.
  • Glukhova A.
  • Melero R.
  • Conesa P.
  • Martínez M.
  • Maluenda D.
  • Mota J.
  • Jiménez A.
  • Vargas J.
  • Marabini R.
  • Sexton P.
  • Carazo J.
  • Sorzano C.
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BIOINFORMATICS - 1/2/2020

10.1093/bioinformatics/btz671

Número de citas: 92 (Web of Science) 82 (Scopus)
  • Factor Impacto JCR: 6,937 (2020)
  • CiteScore: 11,2 (2023)
  • SJR: 3,599 (2020)
  • SNIP: 2,068 (2020)
  • Impacto JCR a 5 años: 8,47
  • Categorías JCR: BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY

Interchanging geometry information in electron microscopy single particle analysis: mathematical context for the development of a standard.

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Roberto Marabini
  • J. Vargas
  • J. Otón
  • J. Cuenca-Alba
  • A. Quintana
  • J.M. de la Rosa-Trevín
  • Jose Maria Carazo Garcia
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Computational Methods For Three-dimensional Microscopy Reconstruction - 2014

  • ORCID

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J.
  • Herman G.
  • Sorzano C.
  • Marabini R.

Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8

Número de citas: 19 (Scopus)

Fast Global Image Alignment Algorithm for CryoEM through Vector Compression

  • Zarrabeitia O.L.
  • Ramirez-Aportela E.
  • Carazo J.M.
  • Sorzano C.O.S.

Proceedings - International Symposium on Biomedical Imaging - 1/1/2024

10.1109/isbi56570.2024.10635352

Número de citas: 0 (Scopus)

Deep Learning Algorithms in Single Particle Analysis by Cryo-electron Microscopy

  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • David Herreros
  • Jose Maria Carazo Garcia

Acta Crystallographica Section A - Foundation and Advances - 08/2024

10.1107/s2053273324099340

  • ORCID

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: keys for viral success (Conf. Invitada: S2.2 2)

  • Miguel Álvarez-Herrera
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Comas I
  • Mireia Coscolla
  • Santiago F. Elena
  • Clara Francés-Gómez
  • Maria Luisa Franco
  • Daniel García Rasines
  • Ron Geller
  • Carmen Gil
  • Fernando González-Candelas
  • Julia Hillung
  • José Luis Llácer
  • Marina, A.
  • María Carmen Marques
  • Roi Naveiro Flores
  • David Rios Insua
  • Simón Rodríguez Santana
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Carlos Óscar S. Sorzano
  • Eugenia Ulzurum
  • Marçal Vilar
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44º Congreso de la Sebbm - 2022

  • ORCID

Imaging Data: Adding a new type of annotations to 3DBionotes-WS

  • Carolina Simón Guerrero
  • Jose Ramon Macias
  • Erney Ramírez-Aportela
  • Jose Luis Vilas Prieto
  • Marta Martinez Gonzalez
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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21st European Conference On Computational Biology - 2022

  • ORCID

Stream processing of CryoElectron Microscopy images at the acquisition site

  • D. Marchán
  • A. García-Mena
  • P. Conesa
  • Francisco Javier Chichón García
  • R. Arranz
  • Y. Fonseca-Reyna
  • L. del Caño
  • I. Sánchez-López
  • M. Iceta
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carlos Oscar S. Sorzano
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Instruct Biennial Structural Biology Conference - 2022

  • ORCID

Evolutionary genomics of SARS-CoV-2: key for viral success

  • Álvarez-Herrera, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Comas I
  • Coscollà, M.
  • Santiago F. Elena
  • Francés-Gómez, C.
  • Franco, M.L.
  • García Rasines, D.
  • Geller, R.
  • Carmen Gil
  • Fernando Gonzalez-Candelas
  • Hillung, J.
  • José Luis Llácer
  • Marina, A.
  • Marqués, M.C.
  • Naveiro Flores, R.
  • Ríos, D.
  • Rodríguez Santana, S.
  • Paula Ruiz-Rodriguez
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Ulzurum, E.
  • Vidal, M.
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44º Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular - 2022

  • ORCID

The role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: the spike A222V mutation

  • Tiziana Ginex
  • Wieczór, M.
  • Krieger, J.
  • Orozco, M.
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Carmen Gil

Xx Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica - 2022

  • ORCID

3DBionotes COVID-19 Structural Hub: a central resource for validation information and refined models

  • Jose Ramon Macias
  • Carolina Simon-Guerrero
  • Erney Ramírez-Aportela
  • Jose Luis Vilas Prieto
  • Marta Martínez González
  • Carlos Oscar S. Sorzano
  • Jose Maria Carazo Garcia
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21st European Conference On Computational Biology - 2022

  • ORCID

Caracterización estructural de la proteína mayoritaria de viroplasma P9-1 del virus del mal de Río Cuarto

  • Gabriela Llauger
  • Roberto Melero
  • Demian Monti
  • Gabriela Sycz
  • Cristina Huck-Iriart
  • María L. Cerutti
  • Sebastian Klinke
  • Rocío Arranz
  • Yann G.Sterckx
  • Vcitoria Alonso
  • Sofia Maite Arellano
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • FernandoA.Goldbaum
  • Mariana del VAs
  • Lisandro H. Otero
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Xiii Congreso Argentino de Virología 2021 - 2021

  • ORCID

Mesa redonda sobre investigadores y Ciencia Abierta

  • Alonso, F.
  • Emilio Cano
  • María P. Martín
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Jan Thiele

5as Jornadas de Análisis de la Red de Bibliotecas y Archivos del Csic. Bibliotecas y Archivos del Csic Por la Ciencia Abierta: Presente y Futuro - 2019

  • ORCID

Este autor no tiene patentes.

Open Access

On interrogating electron microscopy images to discover proteins in the cell

  • Carazo J.M.

IUCrJ - 1/3/2025

10.1107/s2052252525001861

Número de citas: 0 (Scopus)

Multitarget Virtual Screening for Drug Repurposing in COVID19

  • Sorzano co
  • Crisman E
  • Carazo JM
  • leon r

15/07/2020

10.26434/chemrxiv.12652997.v2

  • ORCID

DeepEMhancer: a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing

  • Ruben Sanchez Garcia
  • Josue Gomez-Blanco
  • Ana Cuervo
  • Jose Maria Carazo
  • Carlos Oscar S Sorzano
  • Javier Vargas

13/06/2020

10.1101/2020.06.12.148296

  • ORCID

FSC-Q: A CryoEM map-to-atomic model quality validation based on the local Fourier Shell Correlation

  • Ramírez-Aportela E
  • Maluenda D
  • Fonseca YC
  • Conesa P
  • Marabini R
  • Heymann JB
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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05/2020

10.1101/2020.05.12.069831

  • ORCID

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps.

  • Ramirez-Aportela E
  • Vilas JL
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martinez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jimenez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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10/2018

10.1101/433284

  • ORCID

ENRICH: a fast method to improve the quality of flexible macromolecular reconstructions

  • Kazemi M
  • Sorzano COS
  • Des Georges A
  • Carazo JM
  • Vargas J

08/2018

10.1101/400317

  • ORCID

Dynamic Kinetochore Size Regulation Promotes Microtubule Capture And Chromosome Biorientation In Mitosis

  • Sacristan C
  • Ahmad M
  • Keller J
  • Fermie J
  • Groenewold V
  • Tromer E
  • Fish A
  • Melero R
  • Carazo JM
  • Klumperman J
  • Musacchio A
  • Perrakis A
  • Kops GJ
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03/2018

10.1101/279398

  • ORCID

Nanoparticles quantification inside cells by near‐edge absorption soft X‐ray nanotomography

  • J.J. Conesa
  • Joaquin Oton
  • Michele Chiappi
  • Eva Pereiro
  • Jose Maria Carazo Garcia
  • Francisco Javier Chichón García
  • José L. Carrascosa
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European Microscopy Congress 2016: Proceedings - 20/12/2016

10.1002/9783527808465.emc2016.5776

  • ORCID

Quantitative analysis of 3D alignment quality: its impact on soft-validation, particle pruning and homogeneity analysis

  • Vargas J
  • Melero R
  • Gomez-Blanco J
  • Carazo J
  • Sorzano COS

11/2016

10.1101/088062

  • ORCID

Erratum: Crystal structure of a near-full-length archaeal MCM: Functional insights for an AAA+ hexameric helicase (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2008) 23:51 (20191-20196))

  • Brewster A.
  • Wang G.
  • Yu X.
  • Greenleaf W.
  • Carazo J.
  • Tjajadi M.
  • Klein M.
  • Chen X.
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Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 7/4/2009

Número de citas: 1 (Scopus)
  • Cuartil SJR: Q1
  • Factor Impacto JCR: 9,432 (2009)
  • CiteScore: 19 (2023)
  • SJR: 7,025 (2009)
  • SNIP: 2,55 (2009)
  • Impacto JCR a 5 años: 10,312
  • Categorías JCR: MULTIDISCIPLINARY SCIENCES
  • Categorías SJR: Multidisciplinary (Q1)

Scopus: 58

Web of Science: 57

Scopus: 211

Web of Science: 214

Última actualización de los datos: 17/05/25 18:55
Próxima recolección programada: 24/05/25 3:00